Variasi alel DNA mikrosatelit BMI43 dan BM888 berdasarkan nilai pemuliaan tertaksir pada sapi fries holland (FH) di BPT HMT Baturraden

Abstract

Pada saat ini penggunaan marka DNA memegang peranan penting dalam perkembangan ilmu pengetahuan, terutama dalam pembuatan peta genetik dan aplikasi-aplikasi lainnya dalam analisa genom. Dibandingkan penanda yang ada mikrosatelit memiliki banyak keuntungan antara lain berguna untuk pemetaan gen, analisis keterpautan gen, penanganan kasus forensik, analisis tes keturunan dan identifikasi suatu penyakit. Mikrosatelit telah digunakan untuk melakukan analisis keterpautan pada gen tertentu untuk menyeleksi lokus yang membawa sifat atau karakter kuantitatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi alel DNA mikrosatelit lokus BM143 dan BM888 pada sapi Fries Holland (FH) berdasarkan Nilai Pemuliaan Tertaksir (Estimated Breeding Value/EBV). Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan dalam program pemuliaan ternak. Sampel yang diteliti adalah sampel darah 100 ekor sapi FH dari peternakan di BPTU (Balai Pembibitan Ternak Unggul) Baturraden, Jawa Tengah. Sebagian sampel yang digunakan telah memiliki nilai EBV dan yang lainnya diambil secara acak. Produk PCR divisualisasi pada 5% Polyacrilamid Gel Electrphoresis (PAGE) dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus BM143 memiliki 6 genotip dan 5 alel yang didominasi genotip BC (56,12%) dan alel B (39,80%). Lokus BM888 memiliki 3 genotip dan 4 alel. Pada lokus ini genotip AC dan alel A menunjukkan frekuensi genotip dan alel yang tertinggi yaitu (59,79%) dan (35,05%). Pada lokus BM143 dan BM888 yang dikelompokkan berdasarkan tingkatan EBV masing-masing didominasi oleh genotip BC dan AC. Keragaman genotip dan alel berdasarkan pejantan menunjukkan dominasi genotip dan alel yang bervariasi. Lokus BM143 dan BM888 masing-masing memiliki nilai heterozigositas 0,6755 dan 0,7349. Rataan heterozigositas yang didapat pada kedua lokus tersebut adalah 0,7052. Nilai heterozigositas dan rataan heterozigositas yang didapat mengandung arti bahwa populasi sapi Fries Holland di BPTU Baturraden memiliki keragaman yang tinggi.