Posisi Filogeni Orlitia borneensis dan Hieremys annandalei (Testudines) Berdasarkan Gen 16s rRNA

Abstract

Urutan DNA mitokondria (mtDNA) banyak digunakan sebagai penanda molekuler dalam menentukan hubungan filogeni suatu organisme karena struktur organisasinya yang stabil. Seiring dengan kemajuan bioteknologi, pengelompokkan kura-kura Bataguridal masih menjadi perdebatan. Hal ini disebabkan oleh perbedaan karakter yang diamati. Beberapa hasil penelitian mengelompokkan kura-kura ini ke dalam famili Emydidae tetapi ada yang menempatkan kurakura ini ke dalam famili tersendiri yaitu famili Bataguridae. Pada penelitian ini digunakan urutan nukleotida gen 16S rRNA O. borneensis dan H. annandalei (Testudines) yang disejajarkan dengan urutan nukleotida beberapa spesies Testudines lainnya yang terdapat di Genbank. Hasil rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan urutan nukleotida 16S rRNA menunjukkan bahwa O. borneensis dan H. annandalei berkerabat dengan Chinemys reevesi (famili Bataguridae). Hasil amplifikasi gen 16S rRNA O. borneensis dan H. annandalei menunjukkan komposisi nukleotida didominasi oleh nukleotida adenin dan timin dengan nilai perbandingan antara A/T dan G/C = 60.1%:39.9% untuk O. borneensis dan 63%:37% untuk H. annandalei. Rasio transisi terhadap transversi (ts/tv) gen 16S rRNA berkisar antara 0.67 sampai dengan 6.75. Nilai jarak genetik terkecil terjadi antara Trachemys scripta dan Chrysemys picta dan antara Dogania subplana dan Tracemys scripta yaitu sekitar 0.005 sedangkan nilai jarak genetik terbesar terjadi antara Pelomedusa subrufa dan Emydura subglobusa yaitu sekitar 0.869.