Pengklonan dan Karakterisasi Gen Gst12 Dari Kedelai Kultivar Lumut dan Slamet

Abstract

GST12 diketahui sebagai salah satu gen yang berperan dalam respon ketahanan terhadap cekaman Alumunium (Al). cDNA LGST12 dan SGST12 telah berhasil diisolasi dari akar tanaman kedelai kultivar Lumut dan Slamet. Hasil penelitian sebelumnya diketahui bahwa pada kultur air pH rendah dan Al tinggi LGST12 tidak terinduksi sedangkan SGST12 terinduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi kedua gen tersebut sebagai langkah awal eksplorasi dan isolasi gen. cDNA kedua kultivar telah dicek keberadaannya kemudian diklon ke dalam pGEM®-T easy. Plasmid rekombinan dalam Escherichia coli galur DH5 telah berhasil diperoleh. Pengurutan cDNA LGST12 dan SGST12 dengan DNA sekuenser ABI Prism Model 310 yang masing-masing menghasilkan 722 pb dan menyandikan 237 asam amino. Analisis kesejajaran lokal kedua cDNA terhadap bagian GST12 (AF243367) yang berada di GenBank menunjukan persentase kesamaan sebesar 85 % untuk LGST12 dan 92 % untuk SGST12 dengan Score Bits secara berurutan 908 dan 1146 dan E-value kedua cDNA tersebut 0 (nol). Hasil penelusuran daerah asam amino terkonservasi menunjukkan bahwa cDNA GST12 memiliki daerah domain asam amino terkonservasi GST tipe GST_N_Tau sedangkan cDNA SGST12 selain memiliki daerah domain asam amino terkonservasi GST_N_Tau juga memiliki daerah domain asam amino terkonservasi GST_C_Tau. Berdasarkan penjajajaran asam amino cDNA LGST12 dan SGST12 terhadap GST12 dari beberapa spesies menggunakan MAFFT v6. 500a diperoleh pohon filogenetik yang menunjukkan kedekatan kekerabatan kedua cDNA terhadap GST12 dari Glycine max (AF243367).