Karakterisasi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria Penyandi trna Valin (trnaval) Pada Reptilia

Abstract

Urutan nukleotida beberapa gen tRNAVal diekstrak dari genom lengkap mitokondria reptilia yang diambil dari GenBank serta dua genom parsial mitokondria milik Laboratorium Zoologi, Institut Pertanian Bogor. Urutan nukleotida gen tRNAVal yang diperoleh kemudian dijajarkan berdasarkan struktur sekundernya. Gen ini terletak tepat di antara gen 12S rRNA dan 16S rRNA tanpa adanya penataan ulang posisi maupun pseudogen. Komposisi nukleotida didominasi oleh basa A dan T. Mutasi yang terjadi pada bagian batang kebanyakan adalah substitusi transisi. Gen ini dapat digunakan dalam analisis filogenetik namun menghasilkan struktur pohon yang kurang stabil. Selain urutan nukleotida pada bagian batang tRNA, nukleotida pada bagian lainnya (kecuali bagian simpai D dan T) dapat diikutsertakan di dalam analisis. Pohon filogeni yang dihasilkan mendukung formasi burung dan crocodilia dalam klad Archosauria, dan juga kecenderungan kurakura terhadap diapsida terutama Archosauria.