Analisis Long-Read Sequences DNA Jenis Merbau (Intsia bijuga), Cendana (Santalum album), dan Kelor (Moringa oleifera)

Abstract

Informasi genetik dapat digunakan dalam upaya konservasi dengan menduga keragaman genetik melalui penggunaan marka genetik. Sekuens DNA dapat diperoleh melalui tahap ekstraksi, isolasi, dan sekuensing. Sekuensing dapat dilakukan menggunakan mesin dengan teknologi terbaru seperti teknologi ONT, namun jarang sekali diaplikasikan pada pohon hutan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuens DNA dan melakukan analisis filogenetik beberapa jenis pohon hutan, yaitu merbau (Intsia bijuga), cendana (Santalum album), dan kelor (Moringa oleifera). Tahapan penelitian mencakup perolehan data hasil sekuensing dan basecalling, quality check, assembly, polishing, anotasi, analisis kekerabatan, serta konstruksi pohon filogenetik. Analisis kekerabatan dilakukan menggunakan DNA sekuens berupa intergenic spacer trnH-psbA, accD, dan matK. Hasil analisis kekerabatan menunjukkan bahwa pohon filogenetik jenis merbau, cendana, dan kelor memiliki nilai bootstrap yang bervariasi yaitu masing-masing sebesar 0,965 (96,5%), 0,509 (50,9%), dan 0,798 (79,8%).