Analisis long read sequences dan biosynthetic gene cluster pada Cinnamomum burmanni dan Magnolia alba

Abstract

Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati yang tinggi. Keanekaragaman hayati ini merupakan peluang untuk meningkatkan kesejahteraan manusia, karena memiliki nilai ekologi dan ekonomi yang tinggi. Namun, tingkat eksploitasi yang tinggi telah mengancam potensi-potensi ini di masa depan kecuali jika informasi genetik tersedia untuk program pemuliaan dan bioprospeksi. Oleh karena itu, penelitian tentang sumber daya genetik di Indonesia menjadi sangat penting. Khususnya untuk C. burmanni dan M. alba, yang merupakan spesies yang bernilai ekonomis dan penting bagi sektor farmasi. Melihat potensi sekuensing generasi ke-3 (MinION Oxford Nanopore Technology) sebagai metode terbaru dalam analisis molekuler pada tingkat genom, maka kita perlu menggunakan teknologi tersebut untuk analisis genom yang lebih baik. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis sekuen DNA pada tanaman dengan cara yang lebih kuat dan terjangkau. Rancangan genom C. burmanni dan M. alba dibuat dengan menggunakan kumpulan data sekuen panjang yang dihasilkan ONT. Teknologi MinION Oxford Nanopore berhasil membaca 195.717 dan 59.589 bp DNA C. burmanni dan M. alba. Pengurutan seluruh genom 160.128 bp (123 gen penyusun kloroplas) dan 152.765 bp (173 gen penyusun kloroplas) berhasil diperoleh dari M. alba dan C. burmanni. Struktur empat bagian dengan sepasang pengulangan terbalik ditemukan pada genom kloroplas C. burmanni dan M. alba. Pendeknya hasil assembly tidak dapat menghasilkan klusterisasi gen C. burmanni dan M. alba. Hasil annotation functional menghasilkan empat kelompok protein yang terlibat dalam enzim untuk biosintesis minyak atsiri antara lain Cytochrome C assembly protein, ATP synthase alpha/beta family, Carboxyl transferase domain, dan Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I.