Keragaman fragmen DNA mitokondria daeha D-loop rusa timor cervus timorensis asal Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur

Abstract

Analisis keragaman genetik dilakukan pada 14 sampel rusa timor (Cervus timorensis) yang berasal dari Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur dengan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode penelitian meliputi: (1) Isolasi DNA total, (2) Evaluasi kualitas DNA, (3) Amplifikasi daerah D-Loop genom DNA Mitokondria, (4) Pemotongan dengan enzim restriksi, (5) Analisis hasil PCR dan pemotongannya, dan (6) Analisis data. Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria rusa dilakukan dengan menggunakan sepasang primer, yaitu primer CTDF (5'-TAA TAT ACT GGT CTT GTA AAC C-3') yang menempel pada tRNA threonin dan primer CTDR (5'-GGC TGG CAC GAG ATT TAC CAA CCC-3') yang menempel pada daerah 12S rRNA. Amplifikasi pada semua sampel rusa menghasilkan fragmen berukuran 1340 bp. Berdasarkan data sekuen acuan, fragmen yang didapat berukuran 1437 bp. Terjadi perbedaan sebanyak 97 bp yang disebabkan karena sekuen acuan menggunakan tRNA Thr, tRNA Pro, tRNA dan sebagian 12SrRNA berasal dari spesies lain, yaitu Muntiacus reevesi (Gene-Bank, kode akses NC_004069) dan bukan dari rusa timor, karena data dasar fragmen tersebut tidak tersedia. Hasil amplifikasi selanjutnya dipotong dengan menggunakan enam macam enzim restriksi, yakni enzim pemotong empat basa, yaitu: HaelII (GG CC), Hapll (C/CGG), Alul (AG-CT), dan Rsal (GT-AC), dan enzim pemotong enam basa BamHI (G-GATCC) dan EcoRI (GAATTC). Semua sampel memberikan hasil pemotongan yang seragam (monomorfik), dengan kata lain tidak terdeteksi adanya variasi pada daerah D-Loop rusa timor.