Analisis spektra dan profil DNA Genom bakteri fotosintetik anoksigenik asal tanah sawah

Abstract

Bakteri fotosintetik anoksigenik (BFA) memiliki kemampuan menambat N₂ yang pada gilirannya dapat disumbangkan sebagai alternatif nutrisi N bagi tanaman khususnya padi sawah. Selain itu bakteri ini mampu memanfaatkan energi cahaya pada bagian infra merah dari spektrum yang tidak digunakan oleh tanaman. Berdasarkan kemungkinan pemanfaatan bakteri di susunlah penelitian yang bertujuan melihat keragaman bakteri fotosintetik anoksigenik (BFA) asal tanah sawah melalui analisis spektra protein dan analisis profil DNA genom. Sebanyak 59 isolat telah diperoleh dari tanah sawah yang berasal dari sejumlah lokasi di daerah Cirebon, Indramayu, Krawang, Sukabumi, Bandung, Cianjur, Bogor, Riau dan Pacitan. Isolat ditumbuhkan pada media minimal sistrom cair 50%, pH 7.2, pada kondisi suhu 32°C, anaerob dan pemberian cahaya terus menerus selama 7 hari. Isolat BFA yang diperoleh umumnya berbentuk batang, dengan warna kultur merah hingga kecoklatan, bersifat gram negatif dan motil. Dari 4 isolat BFA yang diuji pada konsentrasi protein 0.27 mg/ml dan panjang gelombang 200-900 nm, tampak pola spektra yang berbeda-beda. Pola spektra BDG 12 mirip dengan Rhodobacter sphaeroides 2.4.1(R.s 2.4.1), sedangkan IDR 34 mirip dengan CJR 34. Kemiripan tersebut diperkuat oleh hasil analisis elektroforesis medan berpulsa yang menggunakan enzim Ase I dengan waktu pulsa 10-50 detik, waktu pemisahan 20 jam, tegangan listrik 180 volt dan agarosa 1%. Hasil pemotongan Ase I pada DNA genom utuh isolat BDG 12 menunjukan kemiripan dengan R.s 2.4.1 pada potongan DNA yang berukuran 360 - 3 kilo pasang basa. Sementara 8 isolat lain yang diuji menunjukan keragaman genetik yang tinggi.