Analisis sekuens DNA gen apositokrom b untuk studi hubungan evolusi dari tiga subspecies Oryza sativa : Indica, Javanica, dan Japonica

Abstract

Studi mengenai klasifikasi dan hubungan evolusi dari spesies padi akan berguna untuk mempelajari asal-usul dan penyebaran padi di dunia. Berdasarkan sifat morfologinya padi dibagi menjadi 23 spesies. tetapi hanya dua spesies yang ditanam manusia sejak dahulu. yaitu 0. glaberrima dan 0. saliva. Spesies 0. saliva dibagi menjadi tiga subspesies, yaitu japonica. indica. dan javanica. Sekarang ini pendckatan yang digrmakan untuk menelusuri hubungan evolusi dapat dilakukan dengan pendekatan genetika molekul. seperti berdasarkan isozim dan analisis sekuens DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan evolusi dari tiga subspesies 0. saliva dengan menggunakan gen apositokrom b sebagai marka. Gen ini dipilih karena gen highy conserved. Studi ini merupakan penelitian awal untuk mempelajari migrasi penduduk melalui hubungan evolusi dari padi­padian yang ditemukan di situs purbakala. Ada pun tahapan penelitian yang dilakukan adalah (I) isolasi DNA dari bulir padi. (2) po(vmerase chain reaction (PCR). (3) kloning. (.\) sekuensing DNA dengan automatic Dl\'A sequencer AB! Prism 377, 5) hasil sekuensing dibandingkan dengan refercns japonica dan indica. Sampel yang digunakan adalah beras koshihikari (japonica). beras membramo dan IR 64 (indica). beras pandanwangi, dan rojolele (iavanica). Pada penelitian ini berhasil diperoleh sekuens lengkap gen apositokrom b dari semua sampel dengan ukuran sebesar 1194 pasangan basa (pb ). Setelah dianalisis, sekuens gen apositokrom b dari semua sampel identik dengan referens japonica. Dengan demikian tidak bisa dibedakan antara ketiga subspesies tersebut dilihat dari sekuens gen apositokrom b-nya. Sementara itu. sekuens sampcl indica berbeda tujuh nukleotida dengan referens indica. yaitu pada nnkleotida ke-82. 84. 92. 120.175, 880. dan 1186 yang menyebabkan terjadinya perubahan asam amino. Walaupun demikian hasil penelilian ini dapat digunakan untuk meneliti padi-padim1 yang ditemukm1 di situs purbakala.