Analisis profil DNA genom beberapa galur Bacillus thuringiensis dengan elektroforensis gel medan berpulsa (PFGE)

Abstract

Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 merupakan galur Bacillus thuringiensis yang telah banyak digunakan sebagai pestisida alami dan dapat diperoleh secara komersial untuk memberantas hama berupa larva dari jenis Lepidoptera (kupu-kupu) yang menyerang tanaman sayur-sayuran. Laboratorium Biologi Molekuler Mikroba, Puslitbang Bioteknologi, LIPI, Cibinong memiliki beberapa koleksi bakteri Bacillus thuringiensis yang memiliki fenotipe serta sasaran yang sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1, yang direncanakan akan digunakan untuk memproduksi pestisida alami baru. Untuk mengetahui bahwa koleksi bakteri tersebut tidak termasuk dalam galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 tetapi memiliki fenotipe serta sasaran yang sama maka dilakukan uji genotipe dengan menggunakan Elektroforesis Gel Medan Berpulsa (PFGE). Berdasarkan jumlah dan ukuran pita-pita DNA yang telah diperoleh dari hasil pemotongan oleh enzim restriksi Sma I pada analisis profil DNA genom dengan menggunakan PFGE, maka dapat diketahui jumlah pita-pita DNA berkisar antara 9-11 pita dan ukuran genom dari kesepuluh galur Bacillus thuringiensis dan satu galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 berkisar antara 4585-6730 Kb. Hasil analisis kekerabatan berdasarkan Schizotyping menunjukkan bahwa galur Bacillus thuringiensis 25F, 10S, 25S3, 50S15, 25S3, 50S 10, dan 50S, dapat dikatakan sebagai organisma yang memiliki spesies sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena berkerabat dekat, sedangkan galur Bacillus thuringiensis 2EMs, 2EM2, dan 50S, merupakan organisma yang memiliki spesies yang berbeda dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena tidak memiliki hubungan kekerabatan.