Optimasi Isolasi dan Ekstraksi DNA Alga Merah (Rhodophyta) yang Berasal dari Pantai Cipatujah, Tasikmalaya-Jawa Barat

Abstract

Penerapan teknologi molekuler makroalga membutuhkan teknik isolasi dan ekstraksi DNA yang tepat untuk menghasilkan DNA berkualitas baik. Dinding sel makroalga yang mengandung polisakarida, polifenol, pigmen dan metabolit sekunder dapat menghambat isolasi dan ekstraksi DNA makroalga. Metode isolasi dan ekstraksi DNA makroalga saat ini masih belum baku dan berbeda-beda untuk tiap spesiesnya. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan metode terbaik untuk isolasi dan ekstraksi DNA alga merah yang berasal dari Pantai Cipatujah, Tasikmalaya-Jawa Barat. Penelitian menggunakan lima metode yang berbeda. Metode CTAB modifikasi I dan metode TNES-urea buffer merupakan metode isolasi dan ekstraksi DNA terbaik. Nilai rasio A260/A280 dan A260/A230 isolat DNA dari metode terbaik secara konstan berkisar antara 1,70-1,85 dan 0,41-0,49. Isolat DNA yang dihasilkan masih mengandung komponen inhibitor yang dapat menghambat reaksi PCR, sehingga metode yang digunakan belum menghasilkan DNA cetakan yang tepat untuk amplifikasi PCR.