Penjajaran sekuen DNA paralel berbasis kolom menggunakan algoritme Needleman-Wunsch dan graphic processing unit (GPU)
Abstract
Deoxyribo nucleid acid (DNA) merupakan salah satu biomolekul yang
berperan penting dalam menyimpan instruksi genetika makhluk hidup. DNA
sendiri terdiri atas jutaan nukleotida yang saling berpasangan yang membentuk
susunan double helix. Untuk mendapatkan informasi pada dua pasang DNA salah
satunya perlu dilakukan proses penjajaran secara lokal maupun global. Salah satu
cara yang dapat digunakan adalah menggunakan metode penjajaran global sekuen
dengan skema berbasi kolom dengan tujuan untuk mendapatkan kemiripan DNA.
Untaian DNA yang dibangkitkan secara acak tersebut diolah menggunakan library
yang dimiliki oleh sebuah graphic processing unit yang dinamakan dengan CUDA.
CUDA merupakan sebuah platform komputasi yang disediakan oleh NVIDIA
untuk memanfaatkan cores yang ada pada GPU untuk digunakan pada proses
komputasi. Tujuan penggunaan CUDA pada proses penjajaran DNA adalah untuk
mencapai speedup semaksimal mungkin dibandingkan dengan menggunakan CPU.
Pada penelitian ini didapatkan hasil speedup menggunakan GPU dibandingkan
dengan CPU adalah 7.9 kali.
Collections
- UT - Computer Science [2255]