Pendeteksian keragaman DNA mikrosatelit sapi Pesisir Sumatera Barat dengan menggunakan primer INRA 037, BM 2113 serta ILSTS 006

Abstract

Sapi Pesisir Sumatera Barat merupakan salah satu ternak lokal Indonesia. Sapi Pesisir biasa dimanfaatkan oleh masyarakat setempat sebagai ternak potong. Keberadaannya kurang mendapat perhatian dari pemerintah maupun masyarakat, yang menimbulkan kekhawatiran sapi ini akan mengalami kepunahan. Sapi Pesisir sebagai ternak lokal memiliki beberapa keunggulan, antara lain tahan terhadap penyakit, mampu beradaptasi dengan lingkungan yang kurang mendukung, respon terhadap pakan berkualitas rendah dan sistem pemeliharaannya relatif lebih mudah. Keberadaan sapi Pesisir harus terus dipertahankan kelestariannya dengan segera melakukan program pelestarian dan perbaikan mutu genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keragaman mikrosatelit sapi Pesisir Sumatera Barat dengan menggunakan primer INRA 037, BM 2113 serta ILSTS 006. Pendeteksian dilakukan melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction), yaitu teknik perbanyakan DNA dengan menggunakan enzim Polimerase, melalui siklus perubahan suhu. Sampel darah diambil dari 169 ekor sapi Pesisir yang berasal dari dua lokasi, yaitu 100 sampel darah dari Desa Sungai Liku, Kabupaten Pesisir Selatan dan 69 sampel darah dari Desa Ulakan, Kabupaten Padang Pariaman. Kedua lokasi tersebut dipilih karena memiliki lingkungan dan sistem pemeliharaan yang sama sehingga diasumsikan kondisi ternak juga sama. Sampel kemudian diisolasi dan diamplifikasi dengan ketiga primer di atas. Hasil amplifikasi dengan primer INRA 037 menghasilkan 10 alel, primer BM 2113 menghasilkan 11 alel, sedangkan primer ILSTS 006 menghasilkan 6 alel. Frekuensi alel yang dihasilkan beragam dari 0-50%. Perbandingan genotip antar lokasi pada ketiga primer di atas menunjukkan bahwa sapi Pesisir Sumatera Barat yang diambil dari Desa Ulakan, Kabupaten Padang Pariaman lebih beragam dibandingkan dengan Desa Sungai Liku, Kabupaten Pesisir Selatan. Nilai heterozigositas dari ketiga primer cukup tinggi. Primer INRA 037 mempunyai nilai heterozigositas sebesar 77%, primer BM 2113 nilai heterozigositasnya sebesar 75% sedangkan primer ILSTS 006 memiliki nilai heterozigositas sebesar 73%. Tingginya nilai heterozigositas menunjukkan bahwa sapi Pesisir mempunyai keragaman genetik yang tinggi. Keragaman genetik tersebut kemungkinan disebabkan jauhnya hubungan kekerabatan diantara mereka. Hal ini sangat menguntungkan karena makin jauh hubungan kekerabatan maka kemungkinan terjadinya inbreeding makin kecil, sehingga kemunculan alel resesif youg dapat membawa kematian dan cacat juga makin rendah.