Keragaman Rice ragged stunt virus dan Rice grassy stunt virus berdasarkan analisis sikuen nukleotida

Abstract

nfeksi virus merupakan kendala penting dalam produksi padi di Indonesia. Tiga penyakit utama yang disebabkan oleh virus pada padi adalah tungro, kerdil rumput, dan kerdil hampa, masing-masing penyakit disebabkan oleh virus tungro, Rice grassy stunt virus (RGSV), dan Rice ragged stunt virus (RRSV). Kejadian penyakit kerdil rumput dan kerdil hampa masih jarang ditemukan, sedangkan penyakit tungro telah diketahui menyebabkan epidemi di beberapa daerah. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman RGSV dan RRSV berdasarkan sikuen nukleotida. Fragmen spesifik virus diamplifikasi dengan metode polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik untuk RGSV (RGSV-S3-F/RGSV-S3-R), dan RRSV (RRSV-S9-F/RRSV-S9-R). Fragmen DNA spesifik RGSV dan RRSV berhasil diamplifikasi dari sampel Subang, Jawa Barat dan Klaten, Jawa Tengah. Sikuen nukleotida yang diperoleh dari produk PCR dan analisis sikuen menunjukkan homologi yang tinggi (> 99%) antara isolat Subang dan Klaten, baik untuk RGSV maupun RRSV. Analisis lebih lanjut yang melibatkan sikuen di Genbank menunjukkan bahwa homologi antara isolat RRSV dan RGSV dari Asia Tenggara sangat tinggi, yaitu masing-masing mencapai 91-99% dan 95-99%.