Kontribusi maternal kuda Arab (Equus ferus caballus) pada populasi poni Sulawesi Utara berdasarkan D-loop mitokondria parsial.

Abstract

Poni Sulawesi Utara diklasifikasikan ke dalam empat subpopulasi, yaitu poni Minahasa, Minahasa Selatan, Manado dan Tomohon. Keempat populasi poni tersebut memiliki karakteristik warna rambut dan ukuran tubuh yang berbeda dengan lebar pinggul sebagai pembeda anatar subpopulasi poni lokal Sulawesi Utara. Keempat poni diperkirakan berasal dari introgesi kuda Thoroughbred dan kuda Arab. Sebagian data yang menunjukkan struktur genetik dan hubungan asal-usul populasi poni Sulawesi Utara telah dikaji melalui morfometrik, warna tubuh dan keragaman protein darah. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis asal-usul tetua betina pada poni Sulawesi Utara melalui DNA mitokondria. Bagian dari mtDNA D-loop parsial, Hyper Variable Segments 1 (HVS1), digunakan untuk mengetahui tetua betina kuda Arab (Equus ferus caballus) yang ditemukan pada sebelas poni Sulawesi Utara (Tomohon, Amurang, Kawangkoan) dan dilakukan melalui metode “sequencing” D-loop mitochondrial DNA parsial. Produk isolasi DNA diamplifikasi pada daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR, primer forward EA 177 5’ AGCTCCACCATCAACACCCAA-3’ dan primer reverse EA 178 5’-CCATGGACTGAATAACACCTTATGGTTG-3’, pada kondisi predenaturasi 95°C selama tiga menit, denaturasi 95°C selama satu menit, penempelan primer pada suhu 57°C selama satu menit, tahap pemanjangan ruas DNA pada suhu 72°C selama 2 menit, tahap pemanjangan akhir ruas DNA pada suhu 72°C selama 5 menit sebanyak 30 siklus, dan diakhiri dengan tahapan pendinginan pada suhu 15°C selama 15 menit. Sepanjang 368 pasang basa dari daerah HVS1 dianalisis (HVS-1: posisi nukleotida 15.469-15.834) terhadap daerah kontrol mitokondria (d-loop: pasang nukleotida 15.469-16.660). Analisis terhadap ruas HVS1 menggunakan metode Neighbour Joining dan p-distance dengan pengulangan 1000x. Keragaman haplotipe melalui sekuen D-loop HVS 1 dapat digunakan untuk membedakan Equus caballus (no. Acc X79547.1) terhadap intraspesies poni lokal Sulawesi Utara. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa sebelas poni Sulawesi Utara merupakan anggota spesies Equus caballus. Enam poni asal Sulawesi Utara diduga memiliki hubungan kekerabatan maternal dengan kuda USA-Egyptian, diantaranya poni Kawangkoan (no. 1, 2, 3, 4) dan poni Amurang (no. 2 dan 5) dengan jarak genetik antara 0 hingga 6,5%. Karakter haplotipe yang sama pada poni Kawangkoan no. 4 ditemukan pada USA-Egyptian (no. Acc KC840716.1) dengan jarak genetik 0%. Poni ini memiliki hubungan kekerabatan maternal dengan kuda USA-Egyptian. Poni Amurang (no. 1, 3, 4), poni Kawangkoan (no. 5) dan poni Tomohon tidak ditemukan karakter haplotipe kuda Arab. Poni Amurang (no. 1, 4, 3), poni Kawangkoan (no. 5) dan poni Tomohon tidak memiliki hubungan kekerabatan maternal dengan kuda Arab.