Karakteristik Komunitas Bakteri Rhizosfer Rhizophora mucronata Secara Molekuler di Kuala Langsa dan Telaga Tujuh, Provinsi Aceh Timur
View/ Open
Date
2023-08-23Author
Maysaroh, Siti
Ismet, Meutia Samira
Subhan, Beginer
Andini, Rita
Metadata
Show full item recordAbstract
Studi terkait struktur komunitas, peranan secara ekologi, dan potensi pemanfaatan bakteri sudah banyak dilakukan oleh peneliti. Namun, sampai saat ini informasi tentang taksa bakteri terutama bakteri rhizosfer dari lingkungan mangrove masih sangat rendah. Ini disebabkan oleh teknik yang digunakan masih bergantung pada metode kultur, hanya sebesar 2% dari keseluruhan bakteri yang dapat diidentifikasi. Wilayah Sumatera tepatnya di Kuala Langsa dan Telaga Tujuh, Kota Langsa Barat memiliki ekosistem mangrove yang luas, dimana kawasan mangrove Kuala Langsa mewakili ekosistem rehabilitasi sedangkan Telaga Tujuh mewakili ekosistem alami. Meskipun demikian, kajian mengenai bakteri rhizosfer mangrove di dua kawasan tersebut belum dilakukan, sehingga penelitian ini merupakan kajian pertama yang membahas mengenai struktur komunitas bakteri rhizosfer di dua kawasan mangrove tersebut. Adapun tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui struktur komunitas bakteri rhizosfer yang diperoleh dari sedimen Rhizophora mucronata Kuala Langsa dan Telaga Tujuh berdasarkan aplikasi DNA metabarcoding. Tujuan lain dari penelitian ini untuk menemukan jenis bakteri rhizosfer yang kehadirannya dapat digunakan sebagai penciri dari vegetasi Rhizophora mucronata. Sedimen mangrove dikumpulkan menggunakan pipa polyvinyl chloride (PVC) berdasarkan teknik purposive sampling. Analisis molekuler dimulai dari ekstraksi DNA bakteri dari sedimen mangrove, amplifikasi DNA menggunakan primer 314F dan 806R untuk menargetkan DNA bakteri pada panjang 478 bp, elektroforesis DNA menggunakan agarose 1,5% dan sekuensing DNA menggunakan next generation sequencing pada region V3-V4 dari gen 16S rDNA pada platform Illumina Miseq, serta analisis bioinformatik menggunakan QIIME 2. Sebanyak 128 spesies yang mewakili 255 famili, 89 kelas, dan 67 filum berbeda berdasarkan pembacaan unit taksonomi operasional (Operational Taxonomic Unit, OTU) dari sedimen mangrove Kuala Langsa dan Telaga Tujuh. Hasil menunjukkan bahwa 14 jenis bakteri rhizosfer hanya ditemukan di Telaga Tujuh, meliputi Aciditerrimonas sp., Aerococcus urinaeequi, Candidatus melainabacteria, Desulfofaba fastidiosa, Moraxella osloensis, Paenibacillus sp., Serratia plymuthica, Verrucomicrobia sp., anaerobic bacterium sk.prop8, bacterium enrichment culture clone 58, bacterium enrichment culture clone E2, bacterium YC-LK-LKJ31, denitrifying bacterium enrichment culture clone NOB 2 D12, dan Protobacterium Delta 7. Terdapat kelompok bakteri dominan yang ditemukan di sedimen Rhizophora mucronata Kuala Langsa dan Telaga Tujuh, yaitu dari filum Chloroflexi. Sekuens bakteri yang memiliki kelimpahan tertinggi pada filum Chloroflexi dikodekan oleh OTU 10, OTU 17, dan OTU 34. Adapun kelompok bakteri dari genus Sulfurimonas ditetapkan sebagai penciri bagi Rhizophora mucronata
Collections
- MT - Fisheries [3026]