Analisis Keragaman Intron 2 Partial dan Ekson 3 Gen KIT pada Sapi Bali Menggunakan Metode Direct Sequencing

Abstract

Sapi bali merupakan sapi asli Indonesia dengan warna rambut jantan dewasa hitam dan betina kemerahan. Abnormalitas warna rambut pada sapi bali seperti pola white spotted dan albino diduga disebabkan salah satunya oleh gen KIT. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen KIT intron 2 partial dan ekson 3 dan hubungannya dengan warna rambut pada sapi bali. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler, FAPET IPB. Sampel darah sapi bali sebanyak 48 sampel terdiri 15 sampel white spotted, 13 albino, dan 20 normal. SampeldiperolehdariBPTU-HPTSerdangDenpasarBali,danLombok. Analisis keragaman gen KIT menggunakan metode direct sequencing dengan panjang sekuen target 448 bp. Data hasil sekuen gen KIT dianalisis menggunakan program MEGA7.0.26 dan BioEdit72.50. Hasil analisis menunjukkan fragmen ekson 3 gen KIT pada sapi bali monomorfik, namun ditemukan SNP g.70208534A>G di fragmen intron 2 bersifat polimorfik tetapi SNP tidak dapat digunakan sebagai marka abnormalitas warna rambut normal. Simpulan, keragaman ekson 3 gen KIT pada sapi bali bersifat tidak beragam atau monomorfik, namun pada intron 2 partial ditemukan SNP g.70208534A>G beragam atau polimorfik.