Keanekaragaman Scleractinian Pulau Lemukutan di Indonesia menggunakan eDNA Metabarkoding.

Abstract

Keanekaragaman hayati ekosistem laut, terutama terumbu karang, mengalami penurunan global akibat perubahan iklim, pencemaran, penangkapan ikan berlebihan, dan invasi spesies. Negara Indonesia terletak di kawasan segitiga karang dan memiliki kekayaan keanekaragaman terumbu karang yang baik, termasuk salah satu diantaranya Pulau Lemukutan di perairan Kalimantan Barat. Salah satu kendala identifikasi spesies secara tradisional memerlukan waktu dan biaya yang tinggi. Penggunaan metabarkoding Environmental DNA (eDNA) sebagai teknik non-invasif menjadi solusi efisien untuk memahami keanekaragaman Scleractinian di Pulau Lemukutan. Metabarkoding eDNA memungkinkan pemantauan keanekaragaman hayati dengan cepat dan efisien, dengan mengidentifikasi organisme berdasarkan DNA yang terdapat dalam sampel air atau sedimen. Penelitian dapat mengungkap komposisi spesies dan pola distribusi scleractinian dalam ekosistem terumbu karang di Pulau Lemukutan melalui eDNA metabarkoding. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keanekaragaman hayati terumbu karang di Pulau Lemukutan dengan menggunakan pendekatan eDNA. Sampel air laut permukaan diambil dari lima lokasi yang berbeda dan diekstraksi dari kertas saring yang telah dilakukan penyaringan, kemudian dilakukan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer Internal Transcribed Spacer (ITS2), dan dilakukan sequensing menggunakan ilumnina yang kemudian didapatkan hasilnya. Hasil penelitian menunjukkan adanya 2.413 Amplicon Sequence Variants (ASV) dan 275.000 pembacaan dari lima sampel air laut. Data tersebut menunjukan 487 ASV teridentifikasi sebagai taksa eukariota dan 1.926 ASV belum teridentifikasi. Filum Cnidaria merupakan filum tertinggi dari taksa eukariota, diikuti oleh Porifera, Placozoa, dan Stenophora. Penelitian juga mengidentifikasi spesies scleractinian yang ditemukan di Pulau Lemukutan. Beberapa spesies yang terdeteksi termasuk Acropora millepora, Alveopora sp., Anacropora sp., Astreopora listeri, Danafungia scruposa, Fungiacyathus sp., Gardineroseris planulata, Goniastrea sp., Montipora tuberculos, Montipora angulate, Mussa angulosa, Porites sp., Porites lutea, dan Scapophyllia cylindrica. Keanekaragaman menunjukkan perbedaan komposisi antara lokasi pengambilan sampel. Pulau Lemukutan memiliki komposisi terumbu karang skleraktinian yang didominasi oleh Acropora sp., Montipora sp., dan Porites sp. Kesimpulannya, studi keanekaragaman terumbu karang menggunakan eDNA akan memberikan wawasan yang lebih mendalam tentang komposisi spesies dan pola distribusi Scleractinian di ekosistem tersebut. Metode ini membantu dalam pemantauan keanekaragaman hayati secara efisien dan akurat, serta mengurangi keterbatasan dan dampak yang timbul dari teknik identifikasi spesies tradisional. Pemahaman yang lebih baik tentang keanekaragaman hayati dan ekologi terumbu karang, langkah-langkah konservasi yang efektif dapat diambil untuk menjaga kelestarian ekosistem ini.