| dc.description.abstract | Identifikasi spesies pada sebagian besar berudu sulit dilakukan karena karakter morfologi yang mudah dikenali sangat beragam. Selain itu, berudu dan Anura dewasa yang ditemukan pada lokasi yang sama tidak mudah untuk saling dihubungkan terutama pada spesies-spesies yang melakukan aktivitas breeding dan non-breeding tidak di lokasi yang sama atau berdekatan. Identifikasi spesies berudu paling sulit dilakukan pada berudu yang berada pada tahap 23 – 25 dalam proses metamorfosisnya karena merupakan tahap awal diferensiasi oral disc. Hasil identifikasi spesies berudu dapat menjadi data dasar dalam manajemen habitat demi kelestarian jenis Anura. Oleh karena itu diperlukan klustering data molekular yang menjadi alternatif pelengkap untuk memperkuat identifikasi spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies berudu di Pulau Jawa berdasarkan karakter morfologi dan molekuler, dan mengetahui posisi filogeni berudu berdasarkan gen 12S dan 16S rRNA. Sampel berudu yang dianalisis berjumlah 94 individu. Identifikasi morfologi dilakukan berdasarkan kunci identifikasi Iskandar (1998). Deskripsi morfologi dan morfometrika berudu dilakukan berdasarkan Altig (2007), dan tahap perkembangan berudu ditentukan berdasarkan Gosner (1960). Genom diekstraksi dari jaringan menggunakan metode fenol-kloroform (Farajallah 2002). Ruas gen target (12S dan 16S rRNA) diamplifikasi menggunakan pasangan primer AF05 (5’-ACTGGGATTAGATACCCCACTAT) dan AF08 (5’-ATGTTTTTGGTAAACAGGCG) dengan suhu annealing 550C. Jarak genetik antar sampel dihitung berdasarkan jumlah perbedaan nukleotida dan model subsitusi Kimura 2 Paramater (K2P) menggunakan program MEGA v.4. Rekonstruksi filogeni dilakukan dengan metode Maximum Parsimony dengan bootstrap 1000 kali berdasarkan gen 12S rRNA, gen 16S rRNA dan gabungan gen 12S dan 16S rRNA (disimbolkan dengan 12S-16S rRNA). Identifikasi morfologi menunjukkan bahwa berudu terdiferensiasi dalam 17 spesies dari 6 famili. Berdasarkan nilai terendah dari jarak genetik, hasil identifikasi morfologi yang kongruen dengan hasil identifikasi molekuler antara lain P. leucomystax, P. aspera, L. microdiscus, dan R. margaritifer. Spesies yang hasil identifikasi morfologi tidak kongruen dengan hasil identifikasi molekuler adalah F. limnocharis, sedangkan spesies yang belum dapat dipastikan adalah O. hosii. Percabangan monofiletik pada Anura didukung dengan baik pada penelitian ini kecuali kelompok Rhacophorid berdasarkan gen 12S rRNA. Spesies P. aspera berkerabat lebih dekat dengan Bufo berdasarkan gen 12S rRNA dan gen 16S rRNA, sedangkan berdasarkan gen 12S-16S rRNA spesies ini berkerabat lebih dekat dengan B. japonicus. Spesies F. limnocharis berkerabat lebih dekat dengan F. iskandari berdasarkan gen 12S rRNA, 16S rRNA dan 12S-16S rRNA. | id |
