Karakterisasi genetik dan antigenik virus avian influenza yang diisolasi dari peternakan itik komersial di Kabupaten Sidenreng Rappang

Abstract

Itik adalah reservoir dari virus avian influenza (AI) tetapi pada kejadian wabah virus AI di Kabupaten Sidenreng Rappang angka kematian itik sangat tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi virus avian influenza yang diisolasi pada saat terjadi wabah AI pada tahun 2016. Dua puluh lima sampel usap kloaka dikumpulkan secara acak dari tujuh peternakan itik komersial di Sidenreng Rappang selama wabah AI pada tahun 2016. Sampel dari masing-masing peternakan dikumpulkan ke dalam satu pool sampel, sehingga pada akhirnya ada tujuh sampel pooling. Sampel diisolasi pada telur ayam embrio spesifik antibodi negatif (SAN), kemudian dilanjutkan dengan identifikasi virus AI subtipe H5 dan N1 dengan menggunakan reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). Produk PCR yang diperoleh diurutkan untuk gen hemaglutinin (HA) yang menggunakan primer H5- 1: 5'-GCC ATT CCA CAT ACA CCC-3' dan H5-3: 5'-CTC CCC TGC TCA TTG CTA-3' untuk menentukan patogenitas dan clade dari virus ini. Hasil RT-PCR menunjukkan bahwa ketujuh isolat tersebut adalah virus AI subtipe H5N1. Hasil pengurutan gen HA pada daerah cleavage site dari semua isolat menunjukkan pola "P-Q-R-E-R-R-R-K-R-G-L-F". Berdasarkan hasil pengurutan nukleutida, semua isolat virus AI termasuk highly pathogenic avian influenza (HPAI) clade 2.3.2. Relasi antigenik antar virus ditentukan dengan menggunakan rasio Archetti Horsfall (R). Nilai R antar isolat virus AI berkisar antara 0,18-0,71. Hasil penelitian kami mengindikasikan bahwa virus HPAI clade 2.3.2 telah beredar di Sidenreng Rappang dan karena adanya variasi antigenik di antara virus yang beredar, maka perlu dilakukan program pengendalian virus AI pada peternakan itik petelur di Sulawesi Selatan.