Karakterisasi parsial gen B-1,3-glukanase dan kitinase pada kopi arabika coffea arabica L.

Abstract

Daun muda kopi Arabika dari dua varietas -S 1934 (tahanJ dan BLP 10 (rentan) -digunakan sebagai bioessai untuk uji ketahanan terhadap penyakit karat daun. Daun-daun diinokulasi dengan uredospora H .-astatrix atau aquadest sebagai kontrol dan diinkubasi selama 20 hari. Gejala bercak mulai nampak pada hari ke-12 setelah inokulasi pada kedua varietas dengan intensitas yang berbeda. Rata-rata gejala bercak pada varietas tahan adalah 3 bercak per daun, sedangkan pada varietas rentan 39,5 bercak per daun. Deteksi ekspresi gen glukanase dan kitinase dilakukan pada hari ke-6 dan ke-9, dimana daun-daun sampel dipisahkan dan kemudian dilakukan ekstraksi RNA untuk keperluan analisis RT-PCR dengan menggunakan primer spesifik glukanase dan kitinase. Primer spesifik dirancang dari daerah yang tinggi homologi sekuennya (conserve region) yang merupakan basil alignment beberapa tanaman berbiji. Produk RT-PCR kemudian disekuensing dan dianalisa tingkat homologinya dengan program BlastX....dst