Identifikasi Penanda DNA Spesifik Tiga Varietas Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) Indonesia

Abstract

Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) merupakan tanaman yang secara alami menyerbuk silang, akan tetapi umunya diperbanyak secara vegetatif dengan umbi dalam proses penanamannya diberbagai agroekologi Indonesia yang beragam. Sistem penyerbukan silang dan seleksi alami secara berkelanjutan menyebabkan adanya keragaman genetik dalam populasi satu varietas. Analisis penciri varietas secara morfologi sulit dilakukan, sehingga diperlukan pembeda varietas genetik yang spesifik untuk penciri varietas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik pada populasi varietas Bima Brebes, SS Sakato dan Tajuk yang banyak beredar di Indonesia serta mendapatkan penanda DNA spesifik. Amplifikasi DNA tiga varietas bawang dengan sepuluh primer Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Pita diskor secara binner kemudian dianalisis menggunakan PBSTAT-CL, dan PowerMarker 3.25. Marka RAPD yang digunakan berhasil mengamplifikasi 137 total pita DNA, dan 109 pita DNA diantaranya bersifat polimorfik dengan persentase total polimorfik yaitu 80,14%. Primer yang menghasilkan persentase pita polimorfik paling tinggi yaitu OPE7 dengan persentase 100%, sedangkan primer yang persentase polimorfiknya rendah yaitu SBN2 dengan 0% pita polimorfik. Nilai PIC (polymorphic information content) menunjukan bahwa dari sepuluh primer yang digunakan terdapat sembilan primer paling informatif yaitu OPE7, OPE11, OPJ4, OPJ11,OPN6, SBH9, SBH12, SBH20 dan SBN9, sedangkan primer yang dikategorikan kurang informatif yaitu SBN2. Analisis dengan penanda RAPD pada varietas yang diuji beragam untuk setiap populasi, terlihat pada analisis gerombol yang menunjukan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35 untuk Bima Brebes, untuk varietas SS Sakato nilai koefisien ketidakmiripan 0.5 sedangkan pada varietas Tajuk membentuk nilai koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35. Analisis gerombol menunjukan bahwa varietas SS Sakato keragamannya cukup tinggi, sedangkan varietas Bima Brebes dan Tajuk menghasilkan nilai keragaman genetik yang rendah. Analisis penciri varietas Bima Brebes spesifik ukuran 600 pb pada OPJ11, SS Sakato spesifik primer SBH9 ukuran 300 pb, sedangkan untuk varietas Tajuk spesifik ukuran 600 pb pada primer OPE11.