Peningkatan Performansi Metode Phenol Red RT-LAMP Colorimetry Untuk Deteksi Virus SARS-CoV-2 Berkapasitas Buffer Tinggi
Abstract
RT-LAMP Kolorimetri merupakan metode diagnostik yang telah menarik banyak perhatian peneliti karena kecepatan, kesederhanaan, dan sensitivitasnya dibandingkan dengan metode diagnosis penyakit lainnya. Namun, meskipun memiliki banyak kelebihan, uji RT-LAMP kolorimetri masih memiliki kekurangan, terutama untuk kit yang menggunakan indikator fenol merah. Kerugian ini berasal dari sampel input yang mengandung tingkat buffer yang tinggi, yang tidak menyebabkan terjadinya perubahan warna dan menghasilkan hasil analisis yang bersifat negatif palsu. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengoptimasi uji kolorimetri RT-LAMP pada sampel dengan kapasitas buffer yang tinggi. Berdasarkan hasil penelitian, suhu 69 C selama 50 menit dengan penambahan post-treatment berupa pemanasan pada suhu 80 C selama 10 menit merupakan kondisi optimum untuk reaksi RT-LAMP kolorimetri dengan indikator fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 berkapasitas buffer tinggi. Kondisi ini terbukti efektif dalam mengubah warna hasil dari merah (negatif) menjadi kuning
untuk sampel yang positif. Penelitian ini juga berhasil mengklasifikasikan hasil analisis berdasarkan tingkat paparan virus SARS-CoV-2 yang diwakili dengan nilai cycle threshold (Ct) real-time PCR dan dikorelasikan terhadap nilai optical density (OD) spektrofotometer pada panjang gelombang 415 nm dengan nilai korelasi -0,9084. Pada hasil klasifikasi, warna kuning menunjukkan nilai Ct di bawah 20,
warna kuning-orange menunjukkan nilai Ct antara 20 dan 30, warna orange menunjukkan nilai Ct antara 30 dan 40, dan warna merah menunjukkan nilai Ct lebih dari 40 (negatif). Secara keseluruhan, penelitian ini berhasil mengoptimalkan dan mengembangkan reaksi RT-LAMP kolorimetri fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 dengan kapasitas buffer tinggi.