Penggunaan Gen DNA Polimerase untuk Menentukan Hubungan kekerabatan Helicoverpa armigera Nucleopolyhedrovirus (HearNPV) Bogor

Abstract

Nucleopolyhedrovirus (NPV) merupakan virus patogen serangga yang penting di antara famili Baculoviridae. NPV diketahui mampu menjadi agen hayati untuk mengendalikan serangga hama dari ordo Lepidoptera, misalnya Helicoverpa armigera. NPV memiliki sifat yang spesifik, virulen, dan persisten di lapangan sehingga dapat digunakan petani sebagai insektisida hayati. Helicoverpa armigera merupakan salah satu hama yang menyerang tanaman jagung. H. armigera dapat dikendalikan secara hayati menggunakan HearNPV. Sekuen nukleotida HearNPV di Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan isolat HearNPV Bogor dengan NPV lain yang tercatat di GenBank melalui sekuen nukleotida gen DNA Polimerase parsial. Gen DNA Polimerase merupakan salah satu gen inti dari virus genus baculovirus yang terlibat dalam proses replikasi. Karakteristik homologi dan filogeni digunakan untuk memberikan informasi tentang hubungan HearNPV Bogor (berasal dari pertanaman jagung sekitar kampus IPB Dramaga) dengan NPV yang telah dilaporkan di situs GenBank. Analisis filogeni dilakukan menggunakan pendekatan ‘NeighborJoining’ Bootstrap 1000x dengan program MEGA 11. Hasil analisis homologi nukleotida dan asam amino menunjukkan HearNPV Bogor memiliki kekerabatan yang dekat dengan HearNPV Spanyol (No. aksesi: KJ701033.1) dan Australia (No. aksesi: AIG63247.1). Berdasarkan analisis filogeni, HearNPV Bogor berada dalam kelompok yang sama dengan NPV yang menyerang genus Helicoverpa lain di dunia.

Nucleopolyhedrovirus (NPV) is an important insect pathogenic virus in the Baculoviridae family. NPV is known to be a biological agent for controlling insect pests of Lepidoptera, for example, Helicoverpa armigera. NPV has a specific host, virulent, and persistent in the field so it can be used by farmers as a biological insecticide. Helicoverpa armigera is one of the pests that attack corn plants. H. armigera can be controlled biologically using HearNPV. HearNPV nucleotide sequences in Indonesia are still limited. This study aimed to determine the kinship relationship of the HearNPV Bogor isolates with other NPVs recorded in GenBank through nucleotide sequences of the partial DNA Polymerase gene. DNA Polymerase gene is one of the core genes of the baculovirus genus virus involved in the replication process. Homology and phylogeny characteristics were used to provide information about the relationship between HearNPV Bogor and the NPV that had been reported on GenBank. The phylogeny analysis was carried out using the 'Neighbor-Joining' Bootstrap 1000x approach with the MEGA 11 program. The nucleotide and amino acid homology analysis results showed that HearNPV Bogor had a close relationship with the HearNPV of Spain (Accession: KJ701033.1) and Australia (Accession: AIG63247.1). Based on phylogenetic analysis, HearNPV Bogor in the same group as NPVs that attack other Helicoverpa genera worldwide.