Autentikasi genetik terhadap perbedaan morfologi ikan bawal budidaya (Trachinotus spp.) berdasarkan marka gen 16s rRNA
Date
2022-09-01Author
Sari, Dyah Widya
Kamal, Mohammad Mukhlis
Hakim, Agus Alim
Metadata
Show full item recordAbstract
Ikan bawal (Trachinotus spp.) termasuk komoditas unggulan perairan laut
dangkal yang mengalami peningkatan permintaan sehingga perlu dilakukan
konservasi melalui kegiatan budidaya. Penelitian ini bertujuan mengautentikasi
spesies ikan bawal yang dibudidayakan di BPBL Batam sebagai informasi
keragaman genetik dan kekerabatannya. Penelitian dilakukan pada bulan April
hingga November 2021. Metode yang digunakan yaitu isolasi dan ekstraksi
DNA, amplifikasi dan visualisasi, dan sekuensing gen 16s rRNA. Analisis data
meliputi analisis morfologi, pensejajaran, analisis filogeni dan jarak genetik
menggunakan MEGA 11. Seluruh sampel menghasilkan DNA total yang baik
namun terdapat kontaminan. Hasil PCR menunjukkan pita DNA tunggal dan
tebal dengan ukuran basa sesuai target. Hasil validasi menunjukkan seluruh
sampel merujuk pada T. blochii dengan nilai persen identifikasi 100% dan nilai
jarak genetik 0,000. Pohon filogeni menunjukkan tiga spesies bawal berada satu
klaster dengan famili Carangidae. Oleh karena itu, ketiga jenis bawal memiliki
kemiripan yang cukup identik dengan spesies T. blochii. Pompano (Trachinotus spp.) is one of the leading commodities in shallow
marine waters which is experiencing an increase in demand, so it is necessary to
conserve it through aquaculture. This study aims to authentify species of
pompano cultivated at BPBL Batam as information on genetic diversity and
kinship. The study was conducted from April to November 2021. The methods
are using DNA isolation and extraction, amplification and visualization, and 16s
rRNA gene sequencing. Data analysis includes morphological analysis,
alignment, phylogeny analysis, and genetic distance using MEGA 11. All
samples produced good total DNA but contained contaminants. The result of
PCR showed DNA single and thick with the base size according to the target.
Results of validation showed that all samples referred to T. blochii with a percent
identification value of 100% and a genetic distance is 0.000. The phylogeny tree
shows that three types of pompano are in one cluster with the family of
Carangidae. Therefore it can be concluded that three types of pompano have an
identical resemblance to the species of T. blochii.