Analisis Keragaman Morfologi dan Molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) untuk Mendukung Pemuliaan Anggrek Subsuku Aeridinae.
Date
2022-08-19Author
Wegadara, Mega
Sudarsono, Sudarsono
Rachmawati, Fitri
Sukma, Dewi
Metadata
Show full item recordAbstract
Anggrek subsuku Aeridinae merupakan salah satu komoditas florikultura
yang bernilai ekspor dan menunjang perekonomian Indonesia. Anggrek yang
beredar di pasaran sebagian besar adalah anggrek hasil persilangan interspesifik dan
intergenerik. Kegiatan persilangan ini sulit dilakukan namun menghasilkan hibrida
yang berkualitas. Pemahaman tentang kekerabatan dari populasi tetua akan
bermanfaat untuk kegiatan pemuliaan anggrek subsuku Aeridinae dalam
menghasilkan hibrida berkualitas yang diminati pasar. Keragaman genetik secara
konvensional pada anggrek subsuku Aeridinae membutuhkan waktu lama yaitu
pada saat tanaman sudah memasuki fase generatif. Penanda molekuler dapat
menjadi solusi untuk mempercepat analisis keragaman genetik, kekerabatan dan
illegitimate pada tanaman anggrek subsuku Aeridinae. Keragaman genetik
menggunakan penanda molekuler memiliki akurasi yang tinggi. Penanda molekuler
Simple Sequence Repeat (SSR) telah banyak digunakan dalam identifikasi
keragaman genetik pada anggrek, namun pada subsuku Aeridinae masih terbatas.
Penelitian ini terdiri dari tiga percobaan dengan masing-masing percobaan
bertujuan untuk (1) Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda
morfologi pada 30 tetua anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik
Balithi, (2) Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda molekuler SSR
pada 30 tetua anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi, (3)
Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda molekuler SSR dan
mendeteksi adanya illegitimasi pada populasi hasil persilangan interspecific hybrid
antara Vanda tricolor x [(Vanda Patao x Vanda Jennie Hashimoto) x Ascocenda
Peggy Foo] No Klon 21} x Vanda Golamco's Blue Magic.
Percobaan pertama adalah keragaman morfologi aksesi anggrek subsuku
Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi. Percobaan dilakukan dari bulan
Mei 2020 sampai Febuari 2021 yang dilaksanakan di Kebun Percobaan Balai
Penelitian Tanaman Hias dengan menggunakan 30 aksesi tetua anggrek subsuku
Aeridinae. Metode penelitian mencakup metode observasi terhadap 52 karakter
kualitatif dan data yang diperoleh dianalisis menggunakan perangkat lunak
DARwin. Hasil percobaan menunjukkan bahwa populasi tetua memiliki keragaman
yang tinggi dengan nilai disimilaritasnya berkisar antara 0,36 hingga 0,91. Nilai
dissimilarity tertinggi (0,91) antara Vanda limbata (Vl) dan Aranthera James Storie
(AJS). Nilai dissimilarity terkecil (0,36) antara Vanda tricolor x [(Vanda Patao x
Vanda Jennie Hashimoto) x Ascocenda Peggy Foo] No 21 (VtAPF21) dan Vanda
insignis (Vi), Ascocentrum miniata (Am) dan Vascostylis Pine Rivers (VPR),
Vanda Pachara Delight (VPD) dan Vanda Golamco's Blue Magic (VGBM).
Populasi tetua berdasarkan analisis pilogenetika dibagi ke dalam tiga klaster besar.
Tiga klaster besar tersebut dapat direkomendasikan untuk perakitan hibrida
berdasarkan warna bunga, aroma bunga dan ketahanan terhadap paparan sinar
matahari langsung.
Percobaan kedua adalah keragaman genetik berdasarkan penanda SSR pada
30 aksesi anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi.
Percobaan dilakukan dari bulan Febuari 2021 sampai Mei 2021 yang dilaksanakan
di Laboratorium Pemuliaan Terpadu Balai Penelitian Tanaman Hias dengan
menggunakan 30 aksesi tetua anggrek subsuku Aeridinae. Metode penelitian
mencakup metode observasi menggunakan mesin QIAxcel Advanced dan data yang
diperoleh dianalisis menggunakan perangkat lunak GenAlEX, PowerMarker dan
DARwin. Hasil percobaan menunjukkan bahwa karakterisasi molekuler
menggunakan 17 primer polimorfik hasil studi literatur menghasilkan 8 primer
yang memiliki tingkat polimorfisme informatif yaitu C32, C208, C268, C359,
MOK26, MOK29, VMJ05, dan VMJ09. Populasi tetua memiliki keragaman yang
tinggi dengan nilai disimilaritasnya berkisar antara 0.45 hingga 0.98. Nilai
disimilaritas tertinggi (0,98) antara Armodurum sulingii (As) dan Vanda sanderiana
(Vs). Nilai disimilaritas terkecil (0,45) antara Aranthera James Storii (AJS) dan
Aranthera Ladda Gem (ALG). Populasi tetua dibagi ke dalam tiga klaster besar
dalam karakterisasi secara molekuler. Tiga klaster besar tersebut dapat
direkomendasikan untuk perakitan hibrida interspesifik dan intergenerik
berdasarkan kedekatan genetiknya.
Percobaan ketiga adalah identifikasi molekuler dan kebenaran keturunan hasil
persilangan interspecific hybrid menggunakan penanda SSR. Percobaan dilakukan
dari bulan Juni sampai September 2021 yang dilaksanakan di Laboratorium
Pemuliaan Terpadu Balai Penelitian Tanaman Hias dengan menggunakan populasi
hasil persilangan interspecific hybrid antara (Vanda tricolor x [(Vanda Patao x
Vanda Jennie Hashimoto) x Ascocenda Peggy Foo] No 21) dengan Vanda
Golamco's Blue Magic sebanyak 90 klon. Metode penelitian mencakup metode
observasi terhadap hasil analisis molekuler dengan menggunakan mesin QIAxcel
Advanced dan data yang diperoleh dianalisis menggunakan perangkat lunak
CERVUS versi 3.0.7, DARwin versi 6.0.21, dan COLONY versi 2.0.6.8. Hasil
percobaan menunjukkan bahwa karakterisasi molekuler menggunakan 17 primer
menghasilkan 3 primer yang memiliki tingkat polimorfisme sangat informatif yaitu
C32, C225 dan MOK26 dan tiga lokus memiliki tingkat polimorfisme tidak terlalu
informatif yaitu C208, VMJ 10 dan VMJ31. Populasi keturunan hasil persilangan
interspecific hybrid dibagi ke dalam tiga kelompok besar yaitu klon-klon yang
berkelompok dengan tetua jantan, tetua betina dan intermediate. Nilai dissimilaritas
yang dihitung antara populasi hasil persilangan interspecific berkisar antara 0,09
sampai 0,62. Analisis untuk memvalidasi keberadaan individu yang tidak sah
diantara populasi hasil persilangan interspecific hybrid menghasilkan 60% klon
yang diduga illegitimate.
Primer polimorfisme yang dapat digunakan dalam populasi tetua subsuku
Aeridinae maupun populasi keturunan hasil persilangan interspecific hybrid adalah
C32 dan MOK26. Penanda morfologi dan SSR pada populasi tetua sangat berguna
untuk identifikasi keragaman genetik dan hubungan kekerabatan yang
mempermudah program pemuliaan anggrek di masa depan. Penanda SSR dalam
populasi keturunan sangat bermanfaat untuk memvalidasi kebenaran populasi hasil
persilangan dikarenakan siklus hidup anggrek subsuku Aeridinae yang panjang
sehingga human error bisa saja terjadi.
Collections
- MT - Agriculture [3683]