Analisis Long-Read Sequences dengan Teknologi MinION Oxford Nanopore pada Ulin, Eboni, dan Gaharu

Abstract

Ulin (Eusideroxylon zwageri T. et B.), eboni (Diospyros rumphii), dan gaharu (Aquilaria beccariana) merupakan tiga jenis asli Indonesia yang menurut Redlist IUCN ketiga jenis ini berstatus kekurangan data dan rawan. Sehingga perlu upaya untuk melakukan rintisan sekuensing genom pohon dengan MinION Oxford Nanopore Technology (ONT). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data sekuens whole genome atau sebagian dari E. zwageri, D. rumphii, dan A. beccariana, kemudian digunakan untuk menganalisis kekerabatan genetik E. zwageri. Prosedur penelitian mencakup tahapan isolasi DNA dan proses sekuensing hingga analisis bioinformatika. Hasil menunjukkan bahwa sekuensing DNA E. zwageri, D. rumphii, dan A. beccariana menghasilkan urutan basa DNA yang terbaca sebesar 305,5 Mb, 3,25 Gb, dan 525,1 Mb dengan genom parsial kloroplas sebesar 109.485 bp, 144.351 bp, dan 157.265 bp. Analisis kekerabatan menunjukkan E. zwageri dengan menggunakan marka intergenic spacer psbA-trnH berada pada satu clade dengan genus Eusideroxylon lainnya sedangkan dengan marka trnK, E. zwageri asal Indonesia mempunyai kedekatan dengan genus Dahlgrenodendron dan Aspidostemon asal Afrika.