Karakterisasi Keragaman Morfologi dan Genetik Sapi Kuantan di Provinsi Riau serta Strategi Pengembangannya
Date
2022-04-21Author
Misrianti, Restu
Jakaria, S H Wijaya, C Sumantri
Metadata
Show full item recordAbstract
Sapi kuantan merupakan salah satu rumpun sapi lokal Indonesia, yang
berasal dari Provinsi Riau. Wilayah sebaran sapi ini berada di dua kabupaten yaitu
Kuantan Singingi dan Indragiri Hulu. Tujuan umum penelitian ini adalah
melakukan karakterisasi terhadap morfologi dan genetik berdasarkan DNA inti dan
DNA mitokondria pada sapi kuantan di Provinsi Riau. Tujuan khusus penelitian
yaitu :1) mengidentifikasi dan menganalisis keragaman morfologi berdasarkan
ukuran-ukuran tubuh sapi kuantan, 2) mengidentifikasi keragaman genetik
menggunakan penanda DNA inti (mikrosatelit) dan DNA mitokondria (gen
cytochrome b (Cyt b) dan gen 16S rRNA). Manfaat dari penelitian ini adalah
menghasilkan 1) dokumentasi data morfologi dan genetik sapi kuantan di Provinsi
Riau 2) sebagai acuan bagi pemerintah dan pemangku kepentingan dalam
merumuskan kebijakan program pemuliaan sapi kuantan di Provinsi Riau.
Keragaman morfologi sapi kuantan dianalisis berdasarkan data ukuran ukuran
tubuh sapi kuantan. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 213 ekor, terdiri atas
44 jantan dan 169 betina umur 2-3 tahun. Penelitian dilaksanakan di tiga lokasi
yaitu di Cerenti, Inuman, dan Kuantan Hilir. Variabel ukuran-ukuran tubuh yang
diukur meliputi Panjang Badan (PB), Tinggi Pundak (TPu), Tinggi Pinggul (TPi),
Lingkar Dada (LD), dan Dalam Dada (DD). Data ukuran-ukuran tubuh dianalisis
secara deskriptif, uji-t antar sub populasi, Analisis Komponen Utama (AKU),
Hierarchichal Clustering Analysis (HCA) menggunakan program XLSTAT.
Secara umum ukuran tubuh sapi kuantan pada populasi Cerenti lebih rendah
dibandingkan dengan Kuantan Hilir dan Inuman. AKU menunjukkan bahwa
pengaruh ukuran (AKU-1) memberikan kontribusi varian sebesar 32,77%, dan
pengaruh bentuk tubuh (AKU-2) memberikan kontribusi varian sebesar 25,83%.
Lingkar dada dan panjang badan merupakan parameter penciri ukuran dan bentuk
sapi kuantan. HCA menunjukkan bahwa terdapat tiga cluster sapi kuantan pada
penelitian ini.
Keragaman DNA inti sapi kuantan dianalisis menggunakan penanda DNA
mikrosatelit. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 40 sampel DNA, yang
berasal dari tiga rumpun, yaitu kuantan 30 sampel, pesisir 5 sampel, dan madura 5
sampel. Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan menggunakan empat
pasang primer mikrosatelit berlabel yaitu INRA035, ILSTS06, HEL9 dan ETH225.
Penentuan alel dilakukan dengan menggunakan metode the labelled fragment
fluorescently. Data dianalisis menggunakan software GenAlEx 6.41, Cervus 3.0
dan MEGA. Rataan jumlah alel tertinggi pada penelitian ini ditemukan pada sapi
kuantan yaitu 6,500±1,258. Alel 112 dan 118 pada lokus INRA035 merupakan alel
spesifik untuk sapi kuantan. Rataan nilai heterozigositas harapan (He) pada sapi
kuantan (0,639) lebih tinggi dibandingkan dengan sapi pesisir (0,631), tetapi lebih
rendah dari sapi madura (0,719). Nilai Polymorphic Information Centre (PIC)
tertinggi ditemukan pada lokus HEL9. Dendrogram menunjukkan bahwa sapi
kuantan berada pada cluster yang berbeda dengan sapi pesisir dan madura.
Keragaman DNA mitokondria dianalisis menggunakan penanda gen Cyt b.
Total sampel yang digunakan sebanyak 40 sampel DNA, yang berasal dari empat
rumpun, yaitu kuantan 30 sampel, pesisir 5 sampel, madura 3 sampel dan bali 2
sampel. PCR dilakukan menggunakan dua pasang primer. Keragaman gen Cyt b
dianalisis menggunakan metode direct sequencing. Data sekuen gen Cyt b meliputi
jumlah situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd),
dan keragaman nukleotida (π) dihitung menggunakan program DNAsp. Median
joining network haplotipe dianalisis menggunakan program PopART. Jarak genetik
dihitung menggunakan p distance pada program MEGA. Pohon filogenetik
direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped Neighbour-Joining (NJ) 1000
kali pengulangan berdasarkan jarak genetik antar group. Hasil penelitian
menunjukkan sekuens Cyt b pada sapi kuantan bersifat polimorfik, dengan jumlah
haplotipe sebanyak enam haplotipe. H4, H5 dan H6 merupakan haplotipe spesifik
pada sapi kuantan. Analisis pohon filogeni berdasarkan sekuens Cyt b menunjukkan
sapi kuantan berada pada kelompok terpisah dengan sapi pesisir, bali dan madura.
Keragaman DNA mitokondria juga dianalisis menggunakan penanda gen
16S rRNA. Total sampel yang digunakan sebanyak 76 sampel, yang berasal dari
empat rumpun, yaitu kuantan (16), pesisir (8), madura (8), dan bali (44). PCR
dilakukan menggunakan dua pasang primer. Keragaman gen 16S rRNA dianalisis
menggunakan metode direct sequencing. Data sekuen 16S rRNA meliputi jumlah
situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan
keragaman nukleotida (π) dihitung menggunakan program DNAsp. Median joining
network haplotipe dianalisis menggunakan program PopART. Jarak genetik
dihitung menggunakan p distance pada program MEGA. Pohon filogenetik
direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) 1000
kali pengulangan berdasarkan jarak genetik antar grup. Hasil penelitian
menunjukkan sekuens 16S rRNA pada sapi kuantan bersifat polimorfik, dengan
jumlah haplotipe sebanyak 3 haplotipe. H17 dan H18 merupakan haplotipe spesifik
pada sapi kuantan. Analisis pohon filogeni berdasarkan sekuens 16S rRNA
menunjukkan sapi kuantan memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan sapi
pesisir.
Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa sapi kuantan
memiliki karakteristik yang dapat dibedakan dengan sapi lokal lainnya baik
berdasarkan penanda morfologi, DNA inti (mikrosatelit) dan DNA mitokondria
(gen Cyt b dan gen 16S rRNA). Hasil penelitian ini dapat dijadikan dasar strategi
dalam pengembangan, pemanfaatan dan pelestarian sapi kuantan.
Collections
- DT - Animal Science [343]