Identifikasi Potensi Senyawaan pada Jahe Merah (Zingiber officinale var. Rubrum) sebagai Inhibitor Protease 3CL-SARS-CoV-2 dengan Metode Penambatan Molekuler

Abstract

Virus korona merupakan virus yang menimbulkan kondisi patologis yang disebut sebagai Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), dengan patogennya disebut sebagai Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Belum ada pengobatan pasti untuk menyembuhkan COVID-19, sehingga banyak masyarakat Indonesia yang menggunakan pengobatan tradisional untuk menangkal COVID-19, seperti dengan mengkonsumsi jahe merah (Zingiber officinale var. Rubrum). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi senyawa-senyawa yang terkandung dalam jahe merah, yaitu ar-kurkumin, gingerol, geraniol, shogaol, zingiberen, gingerenon, dan zingiberenol yang akan dijadikan ligan yang berpotensi sebagai inhibitor protease 3CL SARS-CoV-2 denganpendekatan penambatan molekuler melalui lima parameter, yaitu perubahan energi bebas Gibbs (∆G), tetapan inhibisi, jumlah ikatan hidrogen, prediksi aturan Lipinski, dan tingkat toksisitas. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa gingerenon berpotensi sebagai inhibitor protease 3CL SARS-CoV-2 dengan nilai energi bebas Gibbs sebesar -7,5 kkal /mol, tetapan inhibisi sebesar 3,15 M, membentuk 1 ikatan hidrogen, tergolong ke dalam senyawa dengan toksisitas sedang, dan memenuhi semua aturan Lipinski.

Coronavirus is a virus that causes a pathological condition known as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), with the pathogen referred to as Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). There is no definite treatment to cure COVID-19, so many Indonesians use traditional medicine to ward off COVID-19, such as by consuming red ginger (Zingiber officinale var. Rubrum). This study aims to identify the compounds contained in red ginger, namely ar-curcumene, gingerol, geraniol, shogaol, zingiberene, gingerenone, and zingiberenol which will be used as ligands that have potential as SARS-CoV-2 3CL protease inhibitors with a molecular docking approach through five parameters, namely changes in Gibbs free energy (∆G), inhibition constant, number of hydrogen bonds, prediction of Lipinski rule, and level of toxicity. These results indicate that the compound has potential as protease inhibitors gingerenon 3CL SARS-CoV-2 with Gibbs free energy value of 7.5 kcal / mol, inhibition constants of 3.15 μM, forming hydrogen bonds 1, belonging to the compound with moderate toxicity, and complies with all Lipinski rules