The Effectiveness of D-Loop Primer Design of Rusa timorensis for Population Genetic Analysis

Abstract

Javan deer (Rusa timorensis) is an endemic species in Indonesia estimated at less than 10.000 individuals and continuously declined due to habitat loss and illegal animal hunting. This situation shows that Javan deer is facing a greater risk of extinction. Hence a conservation effort is necessary to keep the sustainability of Javan deer. This study proposes the primer design of the D-loop region to determine the genetic population of wild Javan deer. This study used Primer3 for primer design, BLAST for specificity, and Oligo AnalyzerTM for efficiency. The annealing temperature optimisation started with predenaturation at 94°C. It followed with 35 cycles of denaturation at 95°C, 51-56°C annealing, and 72°C extensions. This study has succeeded in designing a practical primer for Javan deer species with an optimum annealing temperature is 52°C. The DNA amplified in the sample storage with the two-step method has a higher percentage (59.13%) than ethanol 96% (32.35%). All sequenced samples are homolog to Rusa timorensis sequence from NCBI.

Rusa jawa (Rusa timorensis) merupakan spesies endemik Indonesia yang diperkirakan kurang dari 10.000 individu dan terus-menerus mengalami penurunan karena hilangnya habitat dan perburuan hewan ilegal. Situasi ini mengindikasikan bahwa Rusa jawa mengalami risiko kepunahan yang besar. Oleh karena itu, upaya konservasi diperlukan untuk mempertahankan Rusa jawa. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer daerah D-loop untuk menentukan genetik populasi Rusa jawa di alam. Penelitian ini menggunakan Primer3 untuk desain primer, BLAST untuk spesifisitas, dan Oligo AnalyzerTM untuk efisiensi. Optimasi suhu penempelan primer diawali dengan pradenaturasi 94°C. Selanjutnya diikuti dengan 35 siklus dari denaturasi 95°C, 51-56°C penempelan primer, dan 72°C pemanjangan. Penelitian ini berhasil mendesain primer yang efektif untuk spesies Rusa jawa dengan suhu optimum penempelan primer yaitu 52°C. Amplifikasi DNA pada sampel yang disimpan dengan metode dua langkah memiliki persentase lebih tinggi (59.13%) dibandingan dengan etanol 96% (32.35%). Semua sampel yang disekuensing homolog dengan sekuen Rusa timorensis dari NCBI.