Identifikasi Keragaman Gen THY1 pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstract
Gen THY1 merupakan anggota superfamili imunoglobulin yang memiliki
kemiripan pada berbagai spesies. Fungsi dari gen THY1 belum sepernuhnya
diketahui, namun berperan penting dalam respon imun yaitu berpartisipasi pada
aktivasi sel T. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen
THY1 pada calon galur ayam IPB-D2 G0 yang dapat dijadikan sebagai kandidat
marka genetik sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit pada ayam. Penelitian ini
dilakukan dengan teknik PCR dan sekuensing DNA. Hasil penelitian menemukan
2 titik SNP pada intron yaitu posisi basa g.2752 C>T dan g.3155 A>G, serta 1
titik SNP pada ekson 3 yaitu posisi basa g.2835 G>A. Kombinasi 3 SNPs
membentuk 7 haplotipe. SNP g.2835 G>A merupakan synonymous mutation,
bersifat polimorfik, berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan beragam.
SNP g.2752 C>T dan g.3155 A>G bersifat polimorfik, namun tidak berada pada
keseimbangan Hardy-Weinberg, dan keragamannya rendah. The THY1 gene is a member of the immunoglobulin superfamily which has
the similarities in various species. The function of the THY1 gene is not fully
known, but it plays an important role in the immune response, namely the
activation of T cells. This study was conducted to identify the polymorphism of
the THY1 gene in candidate IPB-D2 G0 chickens line which can be used as
candidates for immunoresistance genetic markers chicken. This research was
conducted by PCR techniques and DNA sequencing. The results of the study
found 2 SNP points on the intron namely base position g.2752 C> T and g.3155
A> G, and 1 SNP point on exon 3 namely base position g.2835 G> A. The
combination of 3 SNPs formed 7 haplotypes. SNP g.2835 G> A is an synonymous
mutation, polymorphic, Hardy-Weinberg equilibrium, and varied. SNP g.2752
C> T and g.3155 A> G were polymorphic, but not in the Hardy-Weinberg
equilibrium, and the diversity is low.