Analisis Long-read Sequences Dengan Teknologi MinION Oxford Nanopore pada Jenis Matoa (Pometia pinnata (J.R. Forst & G. Forst))

Abstract

Matoa (Pometia pinnata (J.R & G.forst) merupakan tanaman hutan asli Indonesia yang menghasilkan buah dan juga kayu komersial bernilai ekonomi. Akan tetapi, ketersediaan data genetik dan genomik serta analisis kekerabatan tanaman masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan data genomik dan kekerabatan terdekat Matoa (Pometia pinnata (J.R & G.forst)) dari Famili Sapindaceae. Penelitian terdiri dari beberapa tahapan yaitu i) ekstraksi DNA dengan metode CTAB, ii) uji kualitas dan kuantitas DNA dengan nanophotometer N80 dan qubit 1.0 fluorometer, iii) sekuensing DNA menggunakan alat MinION ONT serta iv) rekonstruksi kekerabatan dengan pohon filogenetik menggunakan barcode rbcL, matK dan kombinasi rbcL+matK. Hasil menunjukkan bahwa proses sekuensing pada jenis matoa (P. pinnata) menghasilkan sekuens dengan panjang urutan basa sebesar 149.661 bp. Penggunaan kombinasi kedua lokus mampu mengklasifikasikan intraspesies dan antarspesies dengan lebih baik.

Matoa (Pometia pinnata (JR & G.forst) is a native Indonesian forest plant that produces fruit as well as economically valuable commercial timber. However, the availability of genetic and genomic data and analysis of this plant relationship is still limited. This study aimed to generate genomic data and the phylogenic relationship between Matoa (Pometia pinnata (JR & G.forst)) within the Sapindaceae family. The research consisted of several stages, namely i) DNA extraction using the CTAB method, ii) quality and quantity testing of DNA with nanophotometer N80 and qubit 1.0 fluorometer, iii) DNA sequencing using the MinION ONT tool and iv) reconstruction of phylogenetic trees using barcodes rbcL, matK and a combination of rbcL + matK. The results showed that the sequencing process of the matoa species (P. pinnata) generated sequence lengths of 149,661 bp. The use of a combination of the two loci can better classify intra- species and inter-species.