Prediksi Situs Pengikatan pada Light Subunit Mushroom Tyrosynase (LSMT): Simulasi Penambatan Molekul

Abstract

Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) merupakan protein pada jamur kancing (Agaricus bisporus). LSMT disebut sebagai lectin-like protein. Protein lektin diketahui dapat digunakan sebagai carrier untuk menargetkan obat secara spesifik ke sel dan jaringan yang berbeda. Oleh karena itu, LSMT berpeluang sebagai drug carrier. Namun situs pengikatan LSMT belum diketahui secara jelas. Tujuan penelitian ini melakukan prediksi situs pengikatan (binding site) antara LSMT dengan ligan dan menentukan ligan yang memiliki energi ikat y. Prediksi situs pengikatan merupakan langkah kunci dalam drug design. Prediksi situs ini menggunakan metode komputasi dengan menggunakan program Autoligan pada Autodock Tools. Penambatan molekul dilakukan pada situs pengikatan yang telah diperoleh dan diperoleh 4 situs pengikatan yang memiliki kekuatan ikatan cukup baik dengan ligan yang digunakan. Ligan yang digunakan yaitu gula jenis fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, dan mannose sebagai ligan uji, serta acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid, dan ꞵ-Carotene sebagai ligan pembanding.

Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) is a protein that is found in button mushroom (Agaricus bisporus). LSMT has been categorization as a lectin-like protein. Lectin proteins are known can use as a drug carrier, opening the possibility of LMST to be used in the same way. Binding site prediction is one of the key steps in drug design, underlining the importance of investigating the still unknown binding sites of LMST. The objective of this research is to predict the binding sites between LMST and ligands and to determine ligands with a high binding energy. The binding site prediction was done computationally using the Autoligand program in Autodock Tools. The binding sites predicted by the program were then used as locations for docking simulations with these ligands: fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, and mannose as a test ligand, and acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid and as a comparison ligand. Four of the binding sites were found to have good bond strength with the ligands used in the simulations.