Variasi nukleotida pada ekson dan intron 7 Gen Pengkode Subunit E1β Branched-chain α-keto Acid Dehydrogenase (BCKDHB) pada Sapi Madura

Abstract

Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi asli Indonesia hasil persilangan dari Bos indicus dan Bos javanicus. Sapi Madura dapat dikelompokkan menjadi 3 peruntukan, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Kompleks Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA) yang mengkatalisis proses degenerasi asam α-keto bercabang (branched-chain α-ketoacids, BCKA). Mutasi yang terjadi pada daerah pengkode gen BCKDHB menyebabkan defisiensi pada fungsi enzim sehingga mengakibatkan akumulasi asam α-keto di dalam tubuh. Data mutasi pada daerah ekson dan intron dapat berpotensi sebagai dasar pemuliaan ternak berdasarkan analisis fungsional gen BCKDHB. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi nukleotida pada ruas ekson 7 dan intron 7 gen pengkode Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase Complex E1β (BCKDHB) pada sapi Madura. Sampel yang digunakan sebanyak 4 sampel darah utuh Sapi Karapan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7.0. Variasi pada daerah ekson 7 gen BCKDHB hanya ditemukan satu varian berupa subtitusi dan tidak berpengaruh terhadap translasi asam amino. Variasi pada daerah intron 7 merupakan subtitusi dapat berupa transversi maupun transisi. Selain itu, ditemukan juga kejadian indel pada daerah intron 7 pada posisi basa ke-341.