Analisis Sekuen Exon 2 Gen Penyandi Lisozim Putih Telur Ayam Kampung (Gallus gallus domesticus).

Abstract

Lisozim putih telur (EWL) ayam kampung memiliki potensi untuk dikembangkan melalui teknologi rekombinan karena sifat fungsionalnya sebagai antibakteri dan pemberi rasa manis. Teknologi rekombinan ini dapat dilakukan dengan terlebih dahulu mengetahui gen penyandinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi sekuen gen penyandi lisozim ayam kampung pada ekson 2 serta menganalisis hasil sekuen parsial ekson 2 berupa pengurutan sekuen, penentuan exon-intron, homologi, phylogenetic tree, dan translasi asam amino berupa pembandingan asam amino serta analisis struktur protein. Penelitian ini berfokus pada ekson 2 karena keterbatasaan waktu yang dimiliki. DNA genom kampung digunakan sebagai template pada ekson 2 untuk proses amplifikasi dengan menggunakan primer yang dirancang berdasarkan urutan gen EWL pada GenBank. Gen LYZ ayam kampung IPB-D1 telah berhasil diidentifikasi dan menghasilkan 840bp, tetapi ada beberapa basa dalam sekuen yang tidak terbaca serta mengalami mutasi. Meskipun demikian, sebagian besar basa lainnya masih dirasa cukup untuk bisa memastikan bahwa gen tersebut adalah lisozim dengan homologi tertinggi dengan gen LYZ Gallus gallus clone-18 dan LYZ Gallus gallus clone-111 dengan kesamaan sebesar 84.31% berdasarkan BLAST-N. Hal ini dibuktikan pula dengan letak percabangan pada pohon filogeni. Sekuen exon 2 mencakup wilayah sisi aktif lisozim Glu35 dan Asp52 sebagai anti bakteri dan sisi aktif pemanis Arg73 sehingga wilayah ini berkaitan dengan aktifitas antibakteri dan rasa manis.