Analisis Sekuen Exon 3-4 Gen Penyandi Lisozim Putih Telur Ayam Kampung (Gallus gallus domesticus).

Abstract

Lisozim putih telur (EWL) ayam kampung memiliki sifat fungsional berupa antibakteri dan pemberi rasa manis yang sangat potensial untuk dikembangkan menggunakan teknologi rekombinan dengan terlebih dahulu melakukan isolasi gen penyandinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi sekuen gen penyandi lisozim ayam kampung dan menganalisis sekuens berupa pengurutan sekuen, penentuan ekson-intron, homologi, pohon filogeni dan translasi asam amino berupa pembandingan asam amino serta analisis struktur protein. Penelitian ini difokuskan pada ekson 3-4 gen EWL ayam kampung. DNA genom ayam kampung IPB-D1 digunakan sebagai cetakan pada ekson 3-4 untuk tahapan amplifikasi gen EWL. Primer untuk amplifikasi didesain berdasarkan urutan sekuen EWL dari Genebank, menghasilkan amplikon dengan ukuran 1071bp yang meliputi ekson 3-4 dan beberapa intron di sekitarnya. Meskipun hasil urutan sekuen terdapat beberapa titik yang tidak terbaca, analisis BLAST-N pada urutan yang dapat dibaca telah dikonfirmasi. Berdasarkan BLAST-N, fragmen yang sesuai dengan gen parsial EWL ayam kampung pada ekson 3-4 adalah gen lisozim Gallus gallus haplotype LA dan Gallus gallus haplotype LB, dengan kesamaan sebesar 91.38%. Variasi asam amino pada ekson 3-4 lisozim ayam kampung diyakini tidak berpengaruh pada sifat antibakteri, karena lokasi struktural yang relatif berbeda pada ekson 3-4 terhadap residu asam amino yang terlibat dalam sifat katalitik, selain itu salah satu asam amino yang bertanggung jawab terhadap rasa manis yang terdapat di wilayah ekson 3 juga tidak terjadi mutasi.