Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism Ekson 2.2 Gen PLAG1 pada Sapi Bali, Peranakan Ongole dan Limousin

Abstract

PLAG1 merupakan gen yang berada di kromosom 14 pada sapi yang diduga memiliki hubungan dengan sifat pertumbuhan dan penambahan bobot badan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ekson 2.2 Gen Pleomorphic Adenoma 1 (PLAG1) pada Sapi bali, PO, dan limousin. Penelitian ini menggunakan teknik direct sequencing pada 15 sampel darah sapi bali jantan, 15 sampel darah sapi bali betina, 8 sampel darah sapi PO, dan 8 sampel darah sapi limousin. Hasil sequencing kemudian dianalisis menggunakan program BLAST dari NCBI, Finch TV, BioEdit dan Popgene. Identifikasi keragaman SNP dianalisis dengan menggunakan pendekatan ClustalW menggunakan program MEGA10. Hasil amplifikasi ekson 2.2 gen PLAG1 pada 3 bangsa sapi berbeda diperoleh 11 SNP bersifat polimorfik dan frekuensi alelnya memenuhi kriteria keseimbangan Hardy-Weinberg. SNP yang ditemukan pada sapi bali berjumlah 6 yaitu c.1654 A>C, c.1660 G>A, c.1720 C>T, c.1753 A>G, c.1759 G>A dan c.1870 G>A, pada sapi PO ditemukan 2 SNP c.1822 A>T dan c.2050 A>G, dan pada sapi limousin ditemukan 3 SNP c.1779 T>C, c.1792 C>T dan c.1818 C>G.