Penjajaran Sekuens Protein Dengan Menggunakan Burrows-Wheeler Transform Pada Model Pemrograman MapReduce

Abstract

Permasalahan yang sering ditemukan dalam melakukan analisa penjajaran sekuens protein adalah efisiensi waktu komputasi. Salah satu algoritme yang dapat diimplementasikan pada bidang ini adalah dengan penerapan algoritme kompresi teks Burrows-Wheeler Transform (BWT). Algoritme BWT merupakan algoritme yang menggunakan struktur indeks yang dapat dikonstruksi menggunakan pemrograman paralel. Pada penelitian ini model pemrograman parallel yang digunakan adalah MapReduce yang dijalankan menggunakan Hadoop. Data yang digunakan adalah data dari IJAH ANALYTICS sebanyak 3334 dengan hasil speedup 1:1 dengan program yang berjalan secara linear. Pada percobaan berikutnya menggunakan teknik duplikasi terhadap salah satu sekuens protein percobaan pertama dengan hasil speedup dua kali lipat terhadap program yang berjalan secara linear.