Variasi Gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1), Cytochrome C Oxidase 2 (COX2) dan Intergenic Spacer (IGS COX1/COX2) DNA Mitokondria Apis cerana asal Jawa dan Sumatra

Abstract

Apis cerana (Hymenoptera: Apidae) merupakan spesies lebah madu yang distribusinya luas di Asia dan memiliki diversitas yang tinggi. DNA mitokondria (mtDNA) dapat digunakan untuk menganalisis variasi pada A. cerana karena memiliki laju mutasi yang tinggi. Penelitian mengenai variasi genetik A. cerana di Indonesia yang telah dilakukan adalah pada intergenic spacer (IGS) gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COX1)/ cytochrome c oxidase subunit 2 (COX2), COX1 dan COX2. Dengan demikian, tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis variasi genetik A. cerana asal Jawa dan Sumatra menggunakan gen COX1, gen COX2, dan IGS COX1/COX2. Ekstraksi, amplifikasi, dan DNA sequencing A. cerana dilakukan untuk 5 koloni lebah Sumatra (Jambi, Belitung) dan Jawa (Banten, Bogor, Sukabumi) yang dilanjutkan dengan analisis bioinformatik dan filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan ketiga gen memiliki rata-rata nukleotida Adenin dan Timin sebesar 82%. Tiga haplotipe baru asal Indonesia ditemukan pada penelitian ini masing-masing berdasarkan COX1, IGS COX1/COX2 dan COX2. Gen COX1 dan COX2 mampu menunjukkan variasi nukleotida yang membedakan COX1 berdasarkan lokasi lebah. Variasi nukleotida ini didukung dengan analisis filogeni yang menunjukkan gen COX1 dan gen COX2 dapat memperlihatkan pola distribusi lokasi A. cerana di pulau yang berbeda, sedangkan IGS COX1/ COX2 tidak dapat menunjukkan pengelompokkan berdasarkan lokasi.