Variasi DNA Mitokondria Gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1), Gen Cytochrome C Oxidase 2 (COX2), dan Intergenic Spacer COX1/COX2 Apis cerana asal Indonesia Timur

Abstract

Apis cerana (Hymenoptera: Apidae) atau dikenal dengan Asian Honeybee memiliki delapan subspesies dengan distribusi di Asia. Penelitian mengenai filogeni dari A. cerana asal beberapa kawasan di Indonesia telah dilakukan melalui gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1) dan Intergenic spacer (IGS) COX1/COX2. Namun penelitian filogeni A. cerana asal Indonesia timur belum dilakukan. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan menganalisis kekerabatan A. cerana yang terdapat di bagian timur Indonesia melalui gen COX1, gen COX2, dan IGS COX1/COX2. Sampel lebah A. cerana yang digunakan berasal dari Majene (Sulawesi), Ambon, dan Manokwari. Analisis molekular dilakukan dengan ekstraksi, amplifikasi, dan sequencing DNA dilanjutkan dengan analisis bioinformatika dan filogeni. Komposisi rata-rata nukleotida AT pada seluruh sampel DNA adalah 83%. Penelitian ini mendapatkan dua haplotipe baru masing-masing berdasarkan gen COX1 dan gen COX2. Satu haplotipe baru ditemukan berdasarkan IGS COX1/COX2. Lebah A. cerana asal Papua dan Maluku berkerabat dekat dengan A. cerana asal Jawa berdasarkan hasil variasi nukleotida, jarak genetik, dan pohon filogeni gen COX1. Berdasarkan pohon filogeni molekular gen COX1 sangat informatif dalam menunjukkan kekerabatan lebah A. cerana. Gen COX2 dapat menunjukkan kekerabatan antar A. cerana asal Papua dan Maluku dengan Borneo, sedangkan bagian IGS COX1/COX2 tidak dapat menunjukkan kekerabatan antar lokasi A. cerana.