Identifikasi Spesies Tarsius dengan Teknik Analisis Marka Molekuler Mitokondria DNA (MtDNA) Secara Non-invasif

Abstract

Tarsius merupakan salah satu primata di Indonesia dengan ukuran terkecil di dunia. Tarsius saat ini memiliki 3 genus yang tersebar di beberapa daerah, salah satunya Sulawesi. Penangkaran secara eksitu diperlukan untuk melestarikan spesies tarsius yang terancam punah. Identifikasi tarsius dari penangkaran dapat dilakukan secara morfologi maupun molekuler. Identifikasi tarsius secara molekuler dapat menggunakan gen sitokrom b (cyt b) dan D-loop dari DNA mitokondria (mtDNA) sebagai penanda genetik karena laju mutasinya yang tinggi dibandingkan dengan DNA inti. Selama ini, analisis molekular pada tarsius selalu dilakukan secara invasif yang dapat menyebabkan stres hingga kematian pada spesies tersebut. Oleh karena itu, identifikasi dan analisis molekular tarsius perlu dilakukan secara noninvasif untuk mendukung konservasi dan menjunjung prinsip kesejahteraan hewan (animal welfare). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi spesies tarsius yang ada di penangkaran Pusat Studi Satwa Primata LPPM IPB secara non-invasif menggunakan marka molekuler gen cyt b dan D-loop dari mtDNA serta membandingkan hasil rekonstruksi filogenetik spesies tarsius berdasarkan dua marka molekuler tersebut. DNA diekstraksi dari feses segar dengan QIAamp® DNA Stool Mini Kit (Qiagen) dan diamplifikasi menggunakan primer spesifik untuk daerah cyt b dan D-loop. Amplikon ditentukan runutan basanya dengan teknik sekuensing. Sekuen nukleotida dianalisis secara bioinformatika dengan program Bioedit dan MEGA 6.0. Panjang sekuen tarsius yang didapatkan sebesar 345 pb untuk gen cyt b dan sebesar 530 pb untuk gen D-loop. Hasil analisis runutan nukleotida berdasarkan jarak genetik dan pohon filogenetik daerah cyt b dan D-loop dari sembilan sampel tarsius menghasilkan dua spesies yang berbeda, yaitu Cephalopachus bancanus dan Tarsius sp. Analisis lebih lanjut berdasarkan persentase identitas (>98%) daerah cyt b mengindikasikan bahwa spesies Tarsius sp. tersebut adalah Tarsius spectrumgurskyae.