Efektivitas Penghambatan Aptamer Terhadap Biofilm EPEC K1.1 Isolat Dari Pasien Diare
Date
2020Author
Oroh, Stery Brenda
Budiarti, Sri
Mustopa, Apon Zaenal
Metadata
Show full item recordAbstract
Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan bakteri penyebab
diare yang dapat membentuk biofilm. Resistensi EPEC terhadap berbagai
antibiotik saat ini menjadi prioritas utama dalam mencari inhibitor alternatif yang
lebih efektif. Aptamer merupakan asam nukleat yang telah dilaporkan memiliki
kemampuan untuk membunuh bakteri patogen melalui mekanisme penghambatan
formasi biofilm. Aptamer diisolasi dari pustaka DNA dengan metode SELEX
(Sytematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) yang spesifik dan
memiliki afinitas tinggi terhadap molekul target misalnya bakteri EPEC K1.1.
Sekuen aptamer dapat diperbanyak dengan oligo synthetizer. Tujuan penelitian ini
adalah menganalisis efektivitas penghambatan aptamer terhadap biofilm EPEC
K1.1 isolat dari pasien diare. Beberapa faktor lingkungan seperti suhu dan pH
yang berperan dalam pembentukan biofilm EPEC K1.1, serta aktivitas aptamer
dalam menghambat pembentukan biofilm dianalisis menggunakan crystal violet
assay pada OD570. Motility assay untuk mengetahui pengaruh aptamer terhadap
motilitas bakteri dan mekanisme kerja aptamer dalam inhibisi biofilm dianalisis
melalui qPCR dengan pengamatan ekspresi gen pada level transkripsi.
Pada penelitian ini, enam jenis aptamer dianalisis aktivitas
penghambatannya terhadap EPEC K1.1, yaitu aptamer SELEX 8 Koloni 1, 4, 7,
SELEX 9 Koloni 3, SELEX 10 Koloni 5 dan 10. Sekuens aptamer tersusun atas
basa nitrogen yang membentuk struktur sekunder karena adanya ikatan hidrogen
yang terbentuk antara basa tersebut. Enam jenis aptamer yang digunakan memiliki
susunan basa yang berbeda. Hasil prediksi struktur sekunder aptamer
menggunakan aplikasi mFold menunjukkan struktur stem dan loop yang berbedabeda antara enam jenis aptamer yang digunakan. Hal ini menunjukkan bahwa
keragaman susunan basa pada sekuen aptamer menyebabkan perbedaan struktur
sekunder aptamer. Hasil analisis aktivitas penghambatan aptamer menunjukkan
bahwa pada nilai cut off 0.399, aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat
pembentukan biofilm EPEC K1.1 paling baik dengan nilai absorbansi 0.126. Hasil
analisis pada uji motilitas juga menunjukkan bahwa aptamer ini dapat mengurangi
diameter motilitas EPEC K1.1. Efek penghambatan terhadap motilitas EPEC K1.1
ditunjukkan dengan qPCR pada ekspresi gen motB, csgA and lsrAI yang menurun
secara signifikan dibandingkan dengan kontrol. Aptamer SELEX 10 Koloni 5
dapat menghambat pembentukan biofilm dengan cara mengubah kemampuan
motilitas EPEC K1.1, dan juga menekan ekspresi gen-gen yang terlibat pada
pembentukan biofilm. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa aptamer dapat
menjadi antibiofilm EPEC K1.1 yang efektif serta dapat menjadi alternatif untuk
penanganan diare.