http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/77 Tue, 26 May 2026 20:55:08 GMT 2026-05-26T20:55:08Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173174 Aktivitas Antiinflamasi Ekstrak Daun Sembung, Binahong, Dan Meniran Secara In Vitro Dan Karakterisasi Metabolit Sekunder Menggunakan LC-HRMS/MS Pajriah, Siti Martinah Inflamasi merupakan respons imun terhadap patogen, zat asing, atau kerusakan sel yang melibatkan mediator seperti enzim siklooksigenase-2 (COX-2) serta sitokin proinflamasi TNF-a dan IL-6. Penggunaan obat antiinflamasi sintetis sering menimbulkan efek samping, sehingga diperlukan alternatif berbasis bahan alam. Daun sembung (Blumea balsamifera), binahong (Anredera cordifolia), dan meniran (Phyllanthus niruri) diketahui mengandung flavonoid yang berpotensi sebagai agen antiinflamasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kandungan flavonoid total dan aktivitas antiinflamasi ekstrak tunggal maupun kombinasi ketiga tanaman tersebut serta mengkaji potensi efek sinergisnya. Sampel daun diekstraksi menggunakan metode maserasi dengan pelarut air dan etanol 70%, kemudian dianalisis fitokimia untuk mengidentifikasi metabolit sekunder. Kandungan flavonoid total ditentukan secara spektrofotometri menggunakan kuersetin sebagai standar. Aktivitas antiinflamasi diuji melalui inhibisi denaturasi albumin, inhibisi COX-2 menggunakan metode ELISA, serta pengukuran sitokin TNF-a dan IL-6 pada sel makrofag RAW 264.7 yang diinduksi lipopolisakarida (LPS). Kombinasi ekstrak disiapkan dalam beberapa rasio, sementara identifikasi metabolit dilakukan menggunakan Liquid Chromatography–High Resolution Tandem Mass Spectrometry (LC-HRMS/MS), yang berfungsi untuk memisahkan, mendeteksi, dan mengidentifikasi senyawa berdasarkan massa molekul secara akurat. Analisis data dilakukan menggunakan ANOVA untuk menentukan adanya perbedaan signifikan antarkelompok perlakuan, yang kemudian dilanjutkan dengan uji lanjut Tukey untuk mengidentifikasi perlakuan kelompok yang menunjukkan perbedaan signifikan secara spesifik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak etanol 70% menghasilkan rendemen dan kandungan flavonoid yang lebih tinggi dibandingkan dengan ekstrak air, dengan nilai total flavonoid pada ekstrak tunggal etanolik sembung sebesar 35,27 mg QE/g, sedangkan pada kombinasi S:B:M (1:0:1) meningkat menjadi 40,24 mg QE/g. Uji denaturasi albumin menunjukkan bahwa kombinasi ekstrak memberikan persentase inhibisi yang lebih tinggi dibandingkan ekstrak tunggal, dengan nilai inhibisi pada kombinasi S:B:M (1:0:1) sebesar 76,46%, yang mengindikasikan adanya efek sinergis. Selain itu, aktivitas inhibisi COX-2 pada kombinasi ekstrak tergolong sangat kuat, dengan kombinasi S:B:M (1:0:1) menunjukkan nilai IC50 terendah. Analisis LC-HRMS/MS mengidentifikasi berbagai senyawa bioaktif, terutama flavonoid seperti kaempferol, isorhamnetin, rutin, isoquercetin, dan tricin, serta senyawa fenolik dan terpenoid yang berkontribusi terhadap aktivitas antiinflamasi. Selain itu, uji sitokin menunjukkan bahwa ekstrak, khususnya dalam bentuk kombinasi, mampu menghambat produksi TNF-a dan IL-6 secara signifikan. Mekanisme aksi diduga melalui penghambatan jalur NF-?B dan modulasi mediator inflamasi. Secara keseluruhan, kombinasi ekstrak daun sembung, binahong, dan meniran menunjukkan aktivitas antiinflamasi in vitro yang lebih tinggi dibandingkan ekstrak tunggal, dengan formulasi S:B:M (1:0:1) sebagai yang paling potensial. Aktivitas ini berkaitan dengan kandungan flavonoid dan metabolit bioaktif lainnya yang bekerja secara sinergis dalam menghambat COX-2 dan sitokin proinflamasi. Temuan ini menunjukkan bahwa formulasi poliherbal memiliki potensi sebagai agen anti-inflamasi alami, meskipun studi lanjutan secara in vivo masih diperlukan untuk mengkonfirmasi efektivitas dan keamanannya. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173174 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173173 Potensi Genetik Limosilactobacillus fermentum 5.1.2 dalam Menghasilkan Senyawa Metabolit dengan Aktivitas Antioksidan Parakkasi, Vidia Nur Riska Bakteri asam laktat (BAL) memiliki manfaat yang sangat luas sehingga penelitian yang mengkaji isolate BAL multifungsional menarik untuk dikembangkan. Isolat Limosilactobacillus fermentum 5.1.2 yang diisolasi dari tempe memiliki sifat probiotik dan mampu menyintesis metabolit esensial, yaitu vitamin B12. Eksplorasi lebih lanjut diperlukan untuk mengkarakterisasi senyawa metabolit yang dihasilkan oleh isolat L. fermentum 5.1.2. Beberapa penelitian telah mengkaji gen-gen pada genom BAL yang terlibat dalam biosintesis senyawa metabolit, namun penelitian yang mengkaji gen-gen terkait biosintesis senyawa metabolit pada genom L. fermentum 5.1.2 belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi L. fermentum 5.1.2 secara genetik dalam menghasilkan senyawa metabolit melalui analisis sekuen genom total, mengidentifikasi senyawa metabolit pada ekstrak L. fermentum 5.1.2, melakukan uji aktivitas antioksidan ekstrak L. fermentum 5.1.2 dan mengevaluasi efek perlindungannya pada organisme model Schizosaccharomyces pombe. Ekstrak DNA genom didapatkan dengan menggunakan kit Quick-DNA Magbead Plus (D4082 – Zymo Research). Analisis sekuens genom total L. fermentum 5.1.2 dilakukan oleh PT. Genetika Science Indonesia. Data genom total dianalisis dengan menggunakan antiSMASH 7.0 digunakan untuk identifikasi dan analisis Biosynthetic Gene Cluster for Secondary Metabolites (BGC-SC). Orthovenn3 digunakan untuk mendapatkan klaster gen ortolog. Anotasi gen fungsional terkait biosintesis senyawa metabolit berdasarkan basis data KEGG dilakukan menggunakan program GhostKOALA. Supernatan bebas sel L. fermentum 5.1.2 diekstraksi dengan pelarut etil asetat 1:1 (v/v). Senyawa metabolit ekstrak diidentifikasi menggunakan LC-QTOF-MS. Aktivitas antioksidan ekstrak L. fermentum 5.1.2 diuji dengan metode DPPH dan ABTS. Efek perlindungan ekstrak tersebut diamati pada S. pombe dengan metode titik. Klaster gen biosintesis prekursor terpen terdeteksi pada genom L. fermentum 5.1.2. Keberadaan klaster gen biosintesis ini mengindikasikan kemampuan isolat 5.1.2 menghasilkan prekursor terpen. Berdasarkan KEGG, klaster gen tersebut teridentifikasi ke dalam modul biosintesis isoprenoid dan terlibat dalam jalur biosintesis terpenoid dan poliketida. Beberapa gen potensial yang diduga terlibat dalam biosintesis senyawa metabolit, teridentifikasi sebagai gen terkait biosintesis terpenoid backbone dan gen terkait ubikuinon dan terpenoid-kuinon lainnya. Beberapa senyawa turunan terpenoid dan terpen-kuinon terdeteksi pada ekstrak L. fermentum 5.1.2 antara lain linalil propionat, geranilbenzokuinon, geranilhidrokuinon, momordol, dan 4,4'-diapofitofluen. Aktivitas antioksidan ekstrak L. fermentum 5.1.2 tergolong rendah dengan IC50 660,56 ± 35,67 µg/mL berdasarkan metode DPPH, dan 333,886 µg/mL berdasarkan metode ABTS. Ekstrak dengan konsentrasi 334,65 µg/mL dan 669,3 µg/mL mampu memberi perlindungan kepada S. pombe pada kondisi cekaman oksidatif yang dipicu oleh H2O2 3mM. Berdasarkan hasil tersebut, L. fermentum 5.1.2 berpotensi menghasilkan senyawa terpenoid dan terpen-kuinon secara genetik, didukung dengan keberadaan senyawa turunan terpenoid dan terpen-kuinon pada ekstrak L. fermentum 5.1.2. Aktivitas antioksidan ekstrak tersebut juga menunjukkan efek perlindungan pada S. pombe pada cekaman oksidatif. Kata kunci: Anotasi gen, Cekaman oksidatif, Limosilactobacillus fermentum, Schizosaccharomyces pombe; Lactic acid bacteria (LAB) are known for their broad range of beneficial properties, making studies on multifunctional LAB isolates an attractive area for further development. The isolate Limosilactobacillus fermentum 5.1.2, obtained from tempeh, has been reported to exhibit probiotic characteristics and the ability to synthesize essential metabolites, particularly vitamin B12. However, further investigation is necessary to characterize the metabolic compounds produced by this isolate. Although several studies have examined genes in LAB genomes that are associated with metabolite biosynthesis, research specifically addressing genes related to metabolite production in the genome of L. fermentum 5.1.2 remains limited. Therefore, this study aimed to evaluate the genetic potential of L. fermentum 5.1.2 to produce metabolic compounds through whole-genome sequence analysis, to identify metabolites present in the extract of L. fermentum 5.1.2, to determine the antioxidant activity of the extract, and to assess its protective effects using the model organism Schizosaccharomyces pombe. Genomic DNA was extracted using the Quick-DNA Magbead Plus kit (D4082; Zymo Research). Whole-genome sequencing of L. fermentum 5.1.2 was performed by PT Genetika Science Indonesia. The resulting genomic data were analyzed using antiSMASH 7.0 to identify and examine biosynthetic gene clusters associated with secondary metabolite production (BGC-SC). Orthologous gene clusters were identified using Orthovenn3. Functional annotation of genes related to metabolic compound biosynthesis, based on the KEGG database, was carried out using the GhostKOALA program. The cell-free supernatant of L. fermentum 5.1.2 was extracted using ethyl acetate at a ratio of 1:1 (v/v). Metabolites present in the extract were identified using LC-QTOF-MS. Antioxidant activity of the extract was evaluated using DPPH and ABTS radical scavenging assays. The protective effect of the extract was assessed in S. pombe using a spot assay. Genome analysis revealed the presence of biosynthetic gene clusters associated with terpene precursor production in the genome of L. fermentum 5.1.2. The detection of these clusters suggests that this isolate has the capability to produce terpene precursors. According to KEGG classification, these clusters belong to the isoprenoid biosynthesis module and are involved in the biosynthesis of terpenoids and polyketides pathway. Several candidate genes potentially involved in metabolite biosynthesis were identified, including genes related to terpenoid backbone biosynthesis as well as those associated with ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis. Metabolite detection of the L. fermentum 5.1.2 extract revealed several terpenoid and terpene-quinone derivatives, including linalyl propionate, geranylbenzoquinone, geranylhydroquinone, momordol, and 4,4'-diapophytofluene. The antioxidant activity of the extract was relatively low, with an IC50 value of 660.56 ± 35.67 µg/mL in the DPPH assay and 333.886 µg/mL in the ABTS assay. Nevertheless, extract concentrations of 334.65 µg/mL and 669.3 µg/mL were able to protect S. pombe cells under oxidative stress induced by 3 mM H2O2. These findings indicate that L. fermentum 5.1.2 possesses genetic potential to produce terpenoid and terpene-quinone compounds, which is supported by the detection of these derivatives in the extract. Furthermore, the extract exhibited a protective effect against oxidative stress in S. pombe Keywords: Gene annotation, Limosilactobacillus fermentum, Oxidative stress, Schizosaccharomyces pombe Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173173 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173169 Adsorpsi Pencemar Logam Cr(VI) dari Limbah Cair dengan Komposit Hidroksiapatit dan Kitosan Siregar, M Rusydi Pencemaran air merupakan masalah lingkungan akibat keberadaan zat berbahaya seperti logam berat kromium heksavalen, sehingga harus dilakukan pengendalian yang tepat untuk menurunkan cemarannya menggunakan metode adsorpsi menggunakan senyawa adsorben hidroksiapatit (HAp). Penelitian ini menggunakan limbah padat cangkang keong sawah sebagai perkursor dalam sintesis senyawa HAp. Komposit HAp dengan kitosan dilakukan untuk meningkatkan kemampuan adsorpsi tehadap pencemar Cr(VI). Optimasi dan studi kinetika juga dilakukan untuk melihat kondisi lingkungan terbaik untuk penyerapan pencemar Cr(VI), sehingga dapat mengetahui potensi dari sifat adsorpsi Cr(VI) pada limbah cair penyamakan kulit dan tekstil. Sintesis HAp dilakukan metode presipitasi menggunakan bahan baku cangkang keong sawah dan dikarakterisasi menggunakan XRD, FTIR, dan SEM-EDX. Hasil XRD menunjukkan kristalinitas yang baik sebesar 71,93%. Spektrum FTIR menunjukkan adanya gugus fungsi PO43-, OH-, dan CO32-. Hasil SEM-EDX menunjukkan morfologi sampel HAp yang seragam dengan rasio Ca/P sebesar 1,82. Pembuatan komposit HAp-kitosan dilakukan dengan metode pencampuran basah, dengan variasi komposisi HAp-kitosan sebesar 0, 25, 50, 75, dan 100 persen. Komposit HAp-kitosan dikarakterisasi menggunakan FTIR dan SEM. Spektrum FTIR yang dihasilkan pada komposit HAp-kitosan menunjukkan adanya gugus fungsi OH-, PO32-, CO32-, NH2-, dan CH-. Morfologi komposit pada SEM menunjukkan morfologi HAp terlihat berbentuk butiran dan kitosan sebagai lempengan, dan kedua senyawa terpisah secara heterogen. Spektrum FTIR dan morfologi SEM menunjukkan bahwa tidak terbentuknya senyawa baru oleh hasil dari pembuatan komposit HAp dan kitosan. Penentuan kondisi optimum penurunan Cr(VI) menggunakan komposit HAp kitosan dilakukan dengan variasi parameter adsorpsi yaitu kondisi pH larutan (pH 6, 7, 8, 9) dan waktu pengadukan (30, 60, 120 menit). Kondisi optimum diperoleh pada kondisi komposisi HAp-kitosan 75 persen, nilai pH 9, dan waktu pengadukan selama 120 menit dengan nilai persen adsorpsi sebesar 70,63 ± 0,08 persen dan kapasitas adsorpsi sebesar 35,08 ± 0,54 mg/g. Peningkatan nilai kapasitas adsorpsi oleh komposit HAp-kitosan terjadi dimana nilai optimum kapasitas adsorben tunggal HAp dan kitosan berturut-turut sebesar 30,57 ± 0,38 dan 21,46 ± 0,26 mg/g. Pengujian kinetika adsorpsi dilakukan dengan variasi waktu adsorpsi (30, 60, 120 menit), dan diperoleh kondisi terbaik pada kinetika orde kedua dengan nilai konstanta kesetimbangan (qe) sebesar 36,97 mg/g. Isoterm adsorpsi juga dilakukan dengan variasi konsentrasi pencemar Cr(VI) (10, 20, 30, 50, 70, 100, 150 mg/L), dan didapatkan kecenderungan isoterm adsorpsi Freundlich dengan nilai linearitas (R2) sebesar 0,9594. Studi termodinamika adsorpsi juga dilakukan dengan variasi suhu (25, 35, 45oC), dan diperoleh nilai perubahan entalpi (?Ho) dan nilai entropi (?So) berturut-turut sebesar 0,9686 kJ/mol dan 3,42 J/K.mol. Kondisi optimum adsorpsi oleh komposit HAp-kitosan kemudian digunakan untuk aplikasi penurunan pencemar Cr(VI) pada limbah cair penyamakan kulit dan tekstil. Nilai kapasitas adsorpsi Cr(VI) dengan komposit HAp-kitosan berturut-turut sebesar 2,634 dan 0,894 mg/g. Nilai kapasitas adsorpsi yang rendah menunjukkan bahwa komposit HAp-kitosan belum maksimal untuk menurunkan pencemar Cr(VI) pada limbah cair penyamakan kulit dan tekstil. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173169 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173121 Deteksi Beak and Feather Disease Virus (BFDV) pada Burung Kakatua Indonesia (Genus: Cacatua) dan Asosiasinya dengan Gen MHC Ishlah, Azimah Wardahtul Major Histocompatibility Complex (MHC) merupakan kelompok gen pada vertebrata yang mengode molekul penyaji antigen yang berperan penting dalam sistem imun adaptif dengan mempresentasikan peptida patogen kepada sel T. Tingginya polimorfisme gen MHC pada vertebrata diketahui berkontribusi terhadap variasi kemampuan individu dalam merespon infeksi. Pada burung kakatua (genus: Cacatua) di Indonesia, informasi mengenai keragaman gen MHC dan kaitannya dengan kerentanan terhadap penyakit menular masih terbatas, khususnya terhadap infeksi Beak and Feather Disease Virus (BFDV). Virus ini merupakan patogen penting yang menginfeksi burung Psittaciformes yang menyebabkan kerusakan bulu, deformitas paruh, dan imunosupresi. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi polimorfisme gen MHC-I ekson 3 dan MHC-II ekson 2 pada spesies Cacatua di Indonesia, mendeteksi keberadaan BFDV, serta mengevaluasi asosiasi antara variasi genetik MHC dan status infeksi. Sebanyak 197 sampel darah dari tujuh spesies kakatua penangkaran di Indonesia (Cacatua alba, C. galerita, C. goffiniana, C. moluccensis, C. pastinator, C. sanguinea, dan C. sulphurea) dianalisis untuk deteksi BFDV menggunakan PCR. Selanjutnya, beberapa dari sampel tersebut dilakukan amplifikasi di daerah MHC-I ekson 3 dan MHC-II ekson 2 untuk dianalisis asosiasi antara haplotipe MHC dan status infeksi menggunakan Generalized Linear Model (GLM) binomial. Hasil penelitian menunjukkan bahwa BFDV terdeteksi pada seluruh spesies yang diuji dengan tingkat infeksi berbeda antarspesies. Analisis genetik menunjukkan tingkat polimorfisme yang tinggi pada kedua lokus MHC, namun tidak ditemukan asosiasi signifikan antara variasi haplotipe MHC-I maupun MHC-II dengan status infeksi BFDV. Selain itu, analisis filogenetik menunjukkan pola transmisi lintas spesies tanpa klaster spesifik berdasarkan inang. Temuan ini menunjukkan bahwa meskipun keragaman genetik MHC pada Cacatua relatif tinggi, faktor lain di luar wilayah gen yang dianalisis dapat berperan lebih besar dalam menentukan kerentanan terhadap infeksi BFDV. Penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih besar serta eksplorasi gen imun lain diperlukan untuk memahami mekanisme kerentanan inang secara lebih komprehensif. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173121 2026-01-01T00:00:00Z