http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/71 Mon, 21 Sep 2026 14:13:58 GMT 2026-09-21T14:13:58Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179879 Iradiasi Sinar Gamma pada Genotipe Koro Pedang (Canavalia ensiformis L.) Koleksi IPB Rahayu, Gina Koro pedang (Canavalia ensiformis L.) memiliki potensi sebagai alternatif kedelai karena memiliki kandungan protein tinggi (21,42-38,50%) dan mampu beradaptasi di lahan marginal. Namun, kendala utama pengembangannya terletak pada masa panen yang panjang dan produktivitas yang masih rendah. Pemuliaan menggunakan metode iradiasi sinar gamma diharapkan mampu meningkatkan keragaman koro pedang. Perlakuan iradiasi pada benih koro pedang dapat menyebabkan gangguan fisiologis pada generasi M1. Sementara itu, pada populasi M2 dapat diperoleh keragaman yang tinggi dan potensial untuk dilakukan seleksi. Karakter seleksi didasarkan pada potensi hasil yang tinggi, tinggi tanaman yang relatif rendah, dan umur panen yang genjah. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan nilai lethal dose 50% (LD50) iradiasi sinar gamma pada koro pedang, mengetahui pengaruh iradiasi sinar gamma terhadap morfologi koro pedang generasi M1, serta memperoleh keragaman genetik pada generasi M2 koro pedang koleksi IPB. Penelitian dilaksanakan dalam dua tahap di Dramaga, Bogor, pada periode 2024 hingga 2026. Percobaan pertama menggunakan benih koro pedang genotipe IPBFA KP01(SB) koleksi IPB yang telah diinduksi sinar gamma dengan rentang dosis 0–1.000 Gy menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) dengan tiga ulangan. Percobaan kedua mengevaluasi seluruh populasi M2 hasil selfing generasi sebelumnya menggunakan rancangan percobaan untuk populasi bersegregasi. Data percobaan pertama dianalisis menggunakan curve fit analysis dan sidik ragam (ANOVA) yang dilanjutkan dengan uji DMRT, sedangkan data pada percobaan kedua dianalisis menggunakan uji T dua populasi. Selain itu, pada populasi M2 dilakukan perhitungan indeks panen serempak (IPS), derajat indeterminasi, komponen ragam, heritabilitas, koefisien keragaman genetik, serta analisis korelasi. Iradiasi sinar gamma pada koro pedang menghasilkan LD50 sebesar 355,91 Gy dengan ambang toleransi maksimum 400 Gy. Pada generasi M1, dosis rendah (100–200 Gy) memicu efek hormesis yang merangsang tinggi tanaman dan panjang daun, sementara dosis tinggi (300–400 Gy) menyebabkan inhibisi vegetatif, keterlambatan generatif, serta penurunan hasil akibat kerusakan DNA dan sterilitas tanaman. Iradiasi sinar gamma meningkatkan keragaman genetik pada populasi M2 koro pedang dan umumnya memengaruhi nilai rataan karakter pertumbuhan, namun tidak berpengaruh nyata pada komponen hasil dan kegenjahan. Umur panen menunjukkan heritabilitas tinggi dengan KKG sedang. Seleksi indeks terboboti dengan intensitas 10% menghasilkan 50 genotipe mutan putatif potensial dan efektif meningkatkan bobot biji serta menurunkan tinggi tanaman, meskipun demikian perubahan pada umur panen belum signifikan.; Jack bean (Canavalia ensiformis L.) has the potential to serve as an alternative to soybeans because it has a high protein content (21.42–38.50%) and can adapt to marginal lands. However, the main constraints to its development lie in its long harvest period and still-low productivity. Breeding using gamma-ray irradiation is expected to increase the diversity of jack bean. Irradiation treatment of jack bean seeds can cause physiological disturbances in the M1 generation. Meanwhile, the M2 population exhibits high diversity and has potential for selection. Selection criteria are based on high yield potential, relatively short plant height, and an early harvest period. This study aims to determine the lethal dose 50% (LD50) of gamma-ray irradiation on jack bean, to investigate the effect of gamma-ray irradiation on the morphology of M1-generation jack bean, and to assess the genetic diversity of the M2 generation of jack bean from the IPB collection. The study was conducted in two phases in Dramaga, Bogor, during the period from 2024 to 2026. The first experiment used seeds from the jack bean IPBFA KP01(SB) genotype IPB collection that had been gamma-irradiated at doses ranging from 0 to 1,000 Gy using a completely randomized design with three replicates. The second experiment evaluated the entire M2 population resulting from self-pollination of the previous generation using an experimental design for segregating populations. Data from the first experiment were analyzed using curve fit analysis and analysis of variance, followed by the DMRT test, while data from the second experiment were analyzed using a two-population T test. In addition, for the M2 population, calculations were performed for the simultaneous harvest index, degree of indeterminacy, components of variance, heritability, coefficient of genetic variation, and correlation analysis. Gamma-ray irradiation of jack bean resulted in an LD50 of 355.91 Gy with a maximum tolerance threshold of 400 Gy. In the M1 generation, low doses (100–200 Gy) triggered a hormetic effect that stimulated plant height and leaf length, while high doses (300–400 Gy) caused vegetative inhibition, delayed generative development, and reduced yield due to DNA damage and plant sterility. Gamma-ray irradiation increased genetic diversity in the M2 population of jack bean and generally affected the mean values of growth traits, but had no significant effect on yield components and maturity. Maturity showed high heritability with moderate heritability coefficient. Weighted index selection at an intensity of 10% yielded 50 potential putative mutant genotypes and effectively increased seed weight and reduced plant height. However, changes in maturity were not yet significant. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179879 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179831 Respons Morfofisiologi dan Perbanyakan Vegetatif Nangka (Artocarpus heterophyllus Lam.) dengan Naungan, Aplikasi ZPT, dan Perendaman Entris Syahputra, Adi Nangka ‘Kandel’ (Artocarpus heterophyllus Lam.) merupakan kultivar unggul bernilai ekonomi tinggi, tetapi perbanyakan vegetatifnya masih terkendala rendahnya keberhasilan grafting yang diduga berkaitan dengan eksudasi getah berlebih pada jaringan luka. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi perlakuan pada batang bawah sebelum grafting, persiapan entris, teknik okulasi pada beberapa umur batang bawah, serta karakter anatomi yang berkaitan dengan keberhasilan perbanyakan nangka ‘Kandel’. Penelitian dilaksanakan pada November 2025–Juni 2026 di screenhouse Kebun Percobaan Leuwikopo dan laboratorium IPB University. Percobaan penyambungan meliputi naungan 75%, perendaman entris selama 24 jam, asam absisat 15 ppm, NAA 50 ppm, dan kontrol, sedangkan okulasi dilakukan pada batang bawah berumur 4 dan 8 bulan. Pengamatan meliputi pertumbuhan morfologi, kandungan klorofil, glukosa, fruktosa daun batang bawah, keberhasilan perbanyakan, jumlah kelenjar getah daun, dan anatomi jaringan sambungan sukses. Perlakuan belum menghasilkan penyatuan yang berhasil, meskipun naungan 75% secara umum mampu mempertahankan pertumbuhan batang bawah dan viabilitas entris lebih baik. Perlakuan ZPT menunjukkan respons fisiologis yang bervariasi, tetapi belum mampu meningkatkan keberhasilan penyambungan. Teknik okulasi menunjukkan potensi lebih baik, terutama pada batang bawah berumur 8 bulan yang menghasilkan dua mata tunas berkembang. Pengamatan anatomi menunjukkan terbentuknya kalus dan jaringan vaskular pada sambungan yang berhasil. Nangka ‘Kandel’ juga memiliki kerapatan saluran getah daun lebih tinggi dibandingkan kultivar lain, yang diduga meningkatkan eksudasi getah dan berpotensi mengganggu kontak kambium serta pembentukan jaringan vaskular. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik okulasi dengan batang bawah yang lebih tua memiliki potensi lebih besar untuk perbanyakan nangka ‘Kandel’. Optimalisasi teknik okulasi, umur batang bawah, dan pengelolaan eksudasi getah diperlukan untuk meningkatkan keberhasilan perbanyakan vegetatif. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179831 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179820 Tesis a.n Muhammad Mirsodi (A3503232046)Inventarisasi dan Kajian Bioekologi Fitonematoda pada Tanaman Padi (Oryza sativa L.) di Pulau Lombok, Nusa Tenggara Barat. Mirsodi, Muhammad Tanaman padi merupakan salah satu komoditas pangan utama masyarakat Indonesia. Rata-rata konsumsi beras masyarakat Indonesia mencapai 93,79 kg per kapita per tahun. Total produksi padi di Indonesia pada tahun 2023 adalah 53,98 juta ton gabah kering giling (GKG), mengalami penurunan sebanyak 0,77 juta ton dibandingkan tahun 2022 (54,75 juta ton). Provinsi Nusa Tenggara Barat berkontribusi sebesar 1,54 juta ton GKG (2,85%) terhadap total produksi padi nasional pada tahun 2023. Pencapaian hasil produksi sering kali terkendala oleh berbagai faktor abiotik dan biotik, salah satunya adalah infeksi nematoda parasit tumbuhan atau fitonematoda. Fitonematoda yang telah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman padi diantaranya Aphelenchoides besseyi, Ditylenchus angustus, Meloidogyne spp., Hirschmanniella spp.. Kehilangan hasil yang telah dilaporkan akibat infeksi A. besseyi dapat 10–50%. Meloidogyne spp. berkontribusi terhadap penurunan hasil hingga 80%, sedangkan D. angustus dapat menyebabkan kerugian hasil mencapai 62%. Sementara itu, Hirschmanniella spp. dilaporkan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil hingga 25%. Insidensi penyakit fitonematoda pada tanaman padi di Nusa Tenggara Barat (NTB) telah dilaporkan, yaitu di Kecamatan Pemenang seluas 1 ha, Pujut (9 ha), dan Rensane Timur (1 ha). Namun, laporan tersebut masih berdasarkan dugaan gejala penyakit dan belum didukung oleh pembuktian asosiasi dan identifikasi baik secara morfologi, morfometri, maupun molekuler. Penelitian ini bertujuan mengkaji bioekologi fitonematoda untuk memahami struktur populasi, interaksi dengan komunitas nematoda lain dan keterkaitannya dengan lingkungan serta menginventarisasi spesies fitonematoda sebagai data dasar yang akurat untuk acuan dalam pengembangan strategi pengelolaan terpadu yang ramah lingkungan. Sampel tanah dan tanaman padi diambil dari 45 lahan pertanaman padi yang tersebar di empat kabupaten yaitu, Lombok Barat, Lombok Tengah, Lombok Timur, Lombok Utara, dan terdiri atas dua tipe lahan, yaitu lahan irigasi dan tadah hujan. Sampel tanaman diambil secara purposif dengan kriteria tanaman kerdil, menguning, mengelompok, daun melintir, pucuk daun memutih dan terdapat nekrotik pada benih padi. Sampel tanah diambil pada kedalaman 20-30 cm dari permukaan tanah menggunakan bor tanah. Pengetahuan mengenai pengaruh teknik budi daya terhadap populasi nematoda diperoleh dengan menghitung jumlah populasi nematoda serta mengamati teknik budi daya yang diterapkan oleh petani yang diperoleh melalui pengamatan langsung dan wawancara. Data yang diperoleh kemudian dianalisis dengan uji Chi-square. Ekstraksi nematoda dari sampel tanah dilakukan dengan teknik flotasi sentrifugasi, sampel akar dengan metode maserasi flotasi dan sampel batang daun diekstraksi menggunakan metode corong Baermann. Suspensi nematoda hasil ekstraksi kemudian dituang pada counting disc dan diamati di bawah mikroskop stereo Nikon SMZ 745T dengan perbesaran 3× untuk dilakukan perhitungan populasi secara total. Setiap nematoda yang ditemukan dihitung secara total menggunakan hand counter. Semua nematoda dikelompokkan ke dalam lima kelompok trofik berdasarkan strategi makan pada tingkat genus. Klasifikasi tersebut digunakan untuk menghitung Indeks Shannon-Wiener (H'), Indeks Keseragaman Pielou (E), dan Indeks Dominansi Simpson (D) menggunakan Microsoft Excel. Analisis komunitas selanjutnya dilakukan dengan program online NINJA (Nematode Joint Indicator Analysis) untuk menghitung indeks ekologi, meliputi Maturity Index (MI), Plant Parasitic Index (PPI), Enrichment Index (EI), Structure Index (SI), Channel Index (CI), Basal Index (BI). Identifikasi berdasarkan karakter morfologi mengacu pada perbandingan karakteristik kunci pada bagian anterior sampai posterior nematoda, identifikasi karakter morfometri mengacu formula De Man. Identifikasi secara molekuler dilakukan dengan ektraksi DNA berdasarkan metode Holterman dan diamplifikasi PCR menggunakan primer universal D2A-D3B yang menargetkan gen 28S rRNA pada nematoda. Runutan nukleotida dianalisis menggunakan penyejajaran berganda ClustalW pada perangkat lunak BioEdit Sequence Alignment Editor versi 72.5. Hubungan kekerabatan antarisolat dikonstruksi menggunakan perangkat lunak Molecular Evolutionaryer Genetic Analysis versi 11 (MEGA 11) dengan bootstrap sebanyak 1000 kali ulangan. Dua sampel tanah dari masing-masing kategori populasi fitonematoda tinggi dan rendah diambil untuk dianalisis sifat kimia dan fisiknya. Hasil analisis kemudian diuji menggunakan uji korelasi untuk melihat hubungan antara sifat fisika dan kimia tanah dengan jumlah populasi. Uji korelasi dilakukan dengan matriks korelasi menggunakan aplikasi Microsoft Excel. Hasil penelitian dari hasil survei menunjukkan bahwa gejala penyakit fitonemtoda pada tanaman padi di Pulau Lombok yang teramati meliputi pertumbuhan tanaman yang kerdil dan mengelompok terbentuknya puru pada sistem perakaran, kerusakan akar yang ditandai dengan jaringan berwarna cokelat hingga busuk pada akar serta gejala pucuk putih (white tip) dan daun keriting. Variasi gejala tersebut menunjukkan bahwa lebih dari satu spesies fitonematoda berasosiasi dengan pertanaman padi di Pulau Lombok. Sebanyak 21 genus dan spesies nematoda berhasil diidentifikasi dan dikelompokkan ke dalam lima kelompok trofik, yaitu herbivora, bakterivora, fungivora, predator, dan omnivora. Ditemukan tiga kelompok herbivora paling dominan yaitu: Meloidogyne graminicola, Hirschmanniella oryzae dan Aphelenchoides besseyi. Ketiga spesies tersebut dikonfirmasi dengan perunutan nukleotida dengan kemiripan sekuens 98,27–100% terhadap sekuens rujukan di GenBank. Keanekaragaman nematoda pada kedua tipe lahan tergolong rendah. Nilai indeks Shannon-Wiener pada lahan tadah hujan 1,03 lebih tinggi daripada lahan irigasi 0,85, demikian pula indeks kemerataan 0,55 dan 0,45, sedangkan indeks dominansi menunjukkan pola sebaliknya 0,60 dan 0,50. Maturity Index pada lahan irigasi 3,38 nyata lebih tinggi daripada lahan tadah hujan 1,93, yang mencerminkan proporsi nematoda persister yang lebih besar pada kondisi kelembapan yang stabil. Nilai Enrichment Index dan Structure Index yang sama-sama tinggi menempatkan kedua agroekosistem pada kuadran B segitiga profil fauna, yaitu ekosistem yang mengalami pengayaan sumber daya tetapi masih mempertahankan struktur jaring makanan yang berkembang. Analisis tabulasi silang menunjukkan bahwa konsentrasi pupuk nitrogen, konsentrasi pupuk fosfor, penggunaan herbisida, dan waktu aplikasi herbisida berhubungan nyata dengan populasi fitonematoda, sedangkan sistem irigasi, ketinggian tempat, teknik tanam, dan varietas tidak. Populasi fitonematoda yang tinggi berasosiasi dengan tanah bertekstur berpasir, berporositas tinggi, dan ber-pH masam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa M. graminicola merupakan fitonematoda utama pada pertanaman padi di Pulau Lombok dan sebarannya luas pada kedua tipe lahan. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi terhadap pengetahuan tentang keanekaragaman dan bioekologi fitonematoda pada tanaman padi di Pulau Lombok serta menyediakan data dasar untuk pengembangan strategi pengelolaan fitonematoda yang efektif dan ramah lingkungan dan mendorong pendekatan pengelolaan berbasis ekosistem yang mendukung keberlanjutan pertanian. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179820 2026-01-01T00:00:00Z http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179748 Analisis Keragaman Genetik dan Pengembangan Marka SNAP berbasis Gen Biosintesis Asam Jasmonat pada Phalaenopsis. Wibowo, Satriyo Phalaenopsis merupakan salah satu genus anggrek yang paling populer di dunia dan memiliki nilai ekonomi tinggi karena keindahan karakter bunganya. Meskipun memiliki permintaan pasar yang tinggi, budidaya anggrek ini masih menghadapi berbagai kendala, terutama penyakit busuk lunak (PBL) yang disebabkan oleh bakteri Dickeya dadantii. Sebagian besar spesies Phalaenopsis diketahui rentan terhadap penyakit tersebut, namun penelitian sebelumnya berhasil mengidentifikasi lima spesies, yaitu P. amboinensis, P. corningiana, P. modesta, P. speciosa, dan P. tetraspis, yang menunjukkan ketahanan terhadap infeksi D. dadantii. Analisis transkriptom P. amboinensis mengungkapkan peningkatan ekspresi gen-gen yang terlibat dalam biosintesis asam jasmonat yang diduga berperan dalam resistensi terhadap serangan D. dadantii. Gen allene oxide synthase 2 (AOS2) dan allene oxide cyclase (AOC) merupakan gen kunci yang mengkode enzim pada tahap awal biosintesis asam jasmonat. Variabilitas single nucleotide polymorphism (SNP) pada gen AOS2 dan AOC di antara spesies Phalaenopsis yang resisten dan rentan terhadap penyakit busuk lunak diduga berkaitan dengan perbedaan respons terhadap infeksi D. dadantii. Variabilitas tersebut berpotensi dimanfaatkan sebagai dasar pengembangan marka single nucleotide amplified polymorphism (SNAP) untuk seleksi ketahanan terhadap penyakit busuk lunak. Penelitian ini bertujuan: 1) menganalisis keragaman genetik dan mengidentifikasi SNP pada gen AOS2 dan AOC sebagai dasar pengembangan marka SNAP; 2) mengevaluasi keefektifan marka SNAP berbasis AOS2 untuk analisis keragaman genetik spesies Phalaenopsis yang resisten atau rentan terhadap penyakit busuk lunak (PBL); 3) menganalisis substitusi residu asam amino pada protein AOS2 serta pengaruhnya terhadap struktur sekunder. Metodologi penelitian diawali dengan isolasi DNA dari sepuluh spesies anggrek Phalaenopsis yang resisten atau rentan terhadap penyakit busuk lunak. Tahap berikutnya mencakup analisis sekuens gen AOS2 dan AOC, desain primer, dan amplifikasi gen, analisis SNP, desain primer SNAP dan amplifikasi PCR untuk uji SNAP pada sepuluh spesies anggrek Phalaenopsis yang resisten atau rentan terhadap penyakit busuk lunak. Hasil amplifikasi SNAP berupa data visual kemudian dikonversi menjadi data alel untuk analisis nilai polymorphic information content (PIC), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), dan analisis filogenetik. Selain itu, hasil sekuensing akan digunakan untuk analisis filogenetik dan protein. Hasil penelitian ini menunjukkan analisis full length CDS (1530 bp) gen AOS2 berhasil diisolasi dari 10 spesies yang diuji dan ditemukan adanya 150 SNP pada gen tersebut. Sementara pada gen AOC hanya diperoleh fragmen dari gen berukuran 700 bp dan pada fragmen tersebut ditemukan sebanyak 55 SNP. Pada gen AOS2 ditemukan 14 SNP dan pada fragmen gen AOC sebanyak 7 SNP memiliki frekuensi alel tinggi. Sebanyak 6 SNP dari gen AOS2 dan 5 SNP dari gen AOC dipilih sebagai kandidat pengembangan marka SNAP. Validitas marka SNAP AOS2 ditunjukkan oleh nilai PIC, Ho, dan He yang berkisar dari rendah hinggasedang, serta nilai Ho yang lebih rendah daripada He, yang mengindikasikan frekuensi heterozigositas yang rendah. Analisis filogenetik membagi 10 spesies Phalaenopsis menjadi dua klaster utama, tetapi pengelompokan tersebut tidak sesuai dengan tingkat resistensi terhadap D. dadantii. Sementara itu, marka SNAP AOC tidak diuji melalui amplifikasi PCR karena sekuens gen AOC yang tersedia hanya bersifat parsial. Sebanyak 5 SNP non-synonymous dengan frekuensi alel tinggi terdeteksi menyebabkan substitusi residu asam amino, namun substitusi tersebut diprediksi tidak mengubah struktur sekunder protein AOS2 pada spesies Phalaenopsis. Penelitian ini menghasilkan beberapa temuan baru, yaitu karakterisasi gen AOS2 dan AOC pada 10 spesies Phalaenopsis, meliputi identifikasi variasi sekuens, SNP, hubungan filogenetik, serta perubahan residu asam amino yang dikodekan oleh kedua gen tersebut. Berdasarkan SNP yang berhasil diidentifikasi, dikembangkan marka SNAP berbasis gen AOS2 dan AOC yang mampu membedakan variasi genetik antarspesies Phalaenopsis. Marka SNAP yang dihasilkan dapat digunakan untuk mengidentifikasi materi genetik secara cepat dan akurat, mendukung pengelolaan sumber daya genetik, serta membantu pemilihan tetua berdasarkan keragaman genetik dalam perencanaan persilangan yang lebih terarah. Gen AOS2 dan AOC, yang berperan dalam jalur biosintesis asam jasmonat terkait respons pertahanan tanaman, memberikan landasan ilmiah bagi pengembangan hibrida Phalaenopsis yang memiliki ketahanan terhadap penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh bakteri D. dadantii.; Phalaenopsis is one of the world’s most popular orchid genera and has high economic value due to the beauty of its flowers. Despite high market demand, the cultivation of this orchid still faces various challenges, particularly soft rot disease (SRD) caused by the bacterium Dickeya dadantii. Most Phalaenopsis species are known to be susceptible to this disease; however, previous research has successfully identified five species, namely P. amboinensis, P. corningiana, P. modesta, P. speciosa and P. tetraspis, which exhibit resistance to infection by D. dadantii. Transcriptome analysis of P. amboinensis revealed increased expression of genes involved in jasmonic acid biosynthesis, which are thought to play a role in resistance to D. dadantii infection. The allene oxide synthase 2 (AOS2) and allene oxide cyclase (AOC) genes are key genes encoding enzymes in the early stages of jasmonic acid biosynthesis. Single nucleotide polymorphism (SNP) variability in the AOS2 and AOC genes amongst Phalaenopsis species that are resistant and susceptible to soft rot disease is thought to be associated with differences in response to D. dadantii infection. This variability has the potential to be utilised as a basis for the development of single nucleotide amplified polymorphism (SNAP) markers for the selection of resistance to soft rot disease. The objectives of this study are: 1) to analyse genetic diversity and identify SNPs in the AOS2 and AOC genes as a basis for the development of SNAP markers; 2) to evaluate the effectiveness of AOS2-based SNAP markers for analysing the genetic diversity of Phalaenopsis species that are resistant or susceptible to soft rot disease (SRD); 3) to analyse amino acid residue substitutions in the AOS2 protein and their effect on secondary structure. The research methodology began with the isolation of DNA from ten species of Phalaenopsis orchids that are either resistant or susceptible to soft rot disease. The next stage involved sequence analysis of the AOS2 and AOC genes, primer design and gene amplification, SNP analysis, SNAP primer design and PCR amplification for SNAP testing on ten Phalaenopsis orchid species that are resistant or susceptible to soft rot disease. The SNAP amplification results, in the form of visual data, were then converted into allele data for the analysis of polymorphic information content (PIC), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), and phylogenetic analysis. In addition, the sequencing results will be used for phylogenetic and protein analysis. The results of this study show that the full-length CDS (1530 bp) of the AOS2 gene was successfully isolated from the 10 species tested, and 150 SNPs were identified in this gene. Meanwhile, for the AOC gene, only a 700 bp fragment was obtained, in which 55 SNPs were identified. Of these, 14 SNPs in the AOS2 gene and 7 SNPs in the AOC gene fragment exhibited high allele frequencies. A total of 6 SNPs from the AOS2 gene and 5 SNPs from the AOC gene were selected as candidates for the development of SNAP markers. The validity of the AOS2 SNAP marker was demonstrated by PIC, Ho and He values ranging from low to moderate, as well as an Ho value lower than He, indicating a low heterozygosity frequency.Phylogenetic analysis divided the 10 Phalaenopsis species into two main clusters; however, this grouping did not correlate with the level of resistance to D. dadantii. Meanwhile, the AOC SNAP marker was not tested via PCR amplification as the available AOC gene sequence was only partial. A total of 5 non-synonymous SNPs with high allele frequencies were detected, causing amino acid residue substitutions; however, these substitutions are predicted not to alter the secondary structure of the AOS2 protein in Phalaenopsis species. This study yielded several new findings, namely the characterisation of the AOS2 and AOC genes in 10 Phalaenopsis species, including the identification of sequence variations, SNPs, phylogenetic relationships, and changes in the amino acid residues encoded by these two genes. Based on the SNPs successfully identified, SNAP markers based on the AOS2 and AOC genes were developed, capable of distinguishing genetic variation amongst Phalaenopsis species. The resulting SNAP markers can be used to identify genetic material rapidly and accurately, supporting the management of genetic resources, and assisting in the selection of parents based on genetic diversity for more targeted cross-breeding programmes. The AOS2 and AOC genes, which play a role in the jasmonic acid biosynthesis pathway associated with plant defence responses, provide a scientific basis for the development of Phalaenopsis hybrids that are resistant to soft rot disease caused by the bacterium D. dadantii. Thu, 01 Jan 2026 00:00:00 GMT http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/179748 2026-01-01T00:00:00Z