http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/72 2026-05-27T23:13:32Z 2026-05-27T23:13:32Z Hidayah, Dinda Nur http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/173081 2026-05-15T05:59:35Z 2026-01-01T00:00:00Z

Penilaian Biosekuriti dan Implikasi Multisektor dari Risiko Highly Pathogenic Avian Influenza Pada Pasar Unggas Hidup Di Wilayah Bogor Hidayah, Dinda Nur Pasar unggas hidup merupakan simpul penting dalam sistem distribusi unggas di Indonesia karena mempertemukan berbagai jenis dan sumber unggas dalam satu lingkungan yang padat dan dinamis. Kondisi ini berpotensi menjadi titik akumulasi agen penyakit apabila tidak didukung praktik pengelolaan yang memadai. Interaksi intensif antara unggas, pedagang, konsumen, serta lingkungan pasar menjadikan pasar unggas hidup sebagai ruang dengan potensi risiko kesehatan hewan, manusia, dan lingkungan secara simultan. Biosekuriti di pasar unggas hidup menjadi komponen kunci dalam meminimalkan risiko tersebut, melalui penerapan pemisahan spesies, pembersihan dan disinfeksi rutin, pengelolaan limbah yang aman, serta pengendalian pergerakan unggas. Namun, implementasi biosekuriti di Indonesia masih menghadapi tantangan berupa keterbatasan infrastruktur sanitasi, lemahnya pengawasan, dan belum optimalnya kepatuhan terhadap regulasi. World Health Organization melalui Healthy Food Market Programme (HFMP) menekankan bahwa pasar pangan, termasuk pasar unggas hidup, perlu memenuhi standar higiene dan pengelolaan lingkungan sebagai bagian dari pencegahan zoonosis dan peningkatan keamanan pangan. Dalam konteks ini, pendekatan One Health menjadi relevan karena menempatkan kesehatan hewan, manusia, dan lingkungan dalam satu kerangka risiko yang saling terhubung. Avian Influenza (AI) adalah penyakit menular yang disebabkan oleh virus influenza tipe A dan menyerang berbagai jenis unggas. Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) seperti H5N1 bersifat sangat virulen dan berpotensi menular ke manusia, sehingga menjadi ancaman serius secara global. Virus ini mampu mengalami mutasi dan reassortment yang menghasilkan varian baru dengan tingkat patogenisitas berbeda. Sejak kemunculannya di Indonesia pada 2003, HPAI H5N1 telah menjadi endemik dan terus berevolusi, dengan dinamika klade yang menunjukkan sirkulasi virus yang berkelanjutan dalam sistem perunggasan. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi penerapan biosekuriti serta implikasi multisektor terhadap risiko HPAI di sembilan pasar unggas hidup di wilayah Bogor menggunakan pendekatan One Health. Data diperoleh melalui observasi, wawancara, kuesioner, dan uji serologis Hemagglutination Inhibition (HI) terhadap antibodi H5N1 klade 2.1.3.2 dan 2.3.2. Hasil menunjukkan bahwa 100% pedagang menjual unggas tanpa Surat Keterangan Kesehatan Hewan (SKKH), 77,8% mencampur unggas dari berbagai sumber, dan 88,9% pasar tidak memiliki fasilitas pengolahan limbah cair. Hewan liar ditemukan di 66,7% pasar. Secara serologis, antibodi terhadap H5N1 klade 2.1.3.2 dan 2.3.2 terdeteksi terutama pada ayam layer dan broiler, mengindikasikan adanya riwayat paparan virus sebelum atau selama distribusi. Analisis kesenjangan terhadap standar WHO HFMP menunjukkan sebagian besar pasar masih lemah pada aspek pemisahan, disinfeksi, dan manajemen limbah. Temuan ini memperlihatkan bahwa pasar unggas hidup berpotensi sebagai titik konsolidasi risiko, dengan implikasi terhadap kesehatan hewan, potensi paparan zoonosis pada manusia, serta kontaminasi lingkungan. Penelitian ini menegaskan perlunya intervensi terintegrasi dengan pendekatan One Health yang mencakup peningkatan infrastruktur sanitasi, penerapan wajib SKKH untuk unggas yang dijual, pengawasan rutin oleh pengelola pasar, serta pelatihan biosekuriti bagi pedagang. Implementasi strategi ini diharapkan dapat memperkuat pengendalian HPAI dan mendukung terciptanya pasar unggas hidup yang sehat, aman, dan berkelanjutan.; Live bird markets (LBMs) represent a critical node in Indonesia’s poultry distribution system, as they bring together different poultry species originating from multiple sources within dense and dynamic environments. Such conditions create potential points of pathogen accumulation when market management practices are inadequate. The close interaction between poultry, traders, consumers, and the surrounding environment positions LBMs as spaces where animal, human, and environmental health risks may converge simultaneously. Biosecurity in live bird markets is therefore a key component in mitigating these risks, encompassing species segregation, routine cleaning and disinfection, proper waste management, and control of poultry movement. However, the implementation of biosecurity measures in Indonesia remains suboptimal due to limited sanitation infrastructure, weak regulatory enforcement, and low compliance among traders. The World Health Organization, through its Healthy Food Market Programme (HFMP), emphasizes the importance of hygiene standards and environmental management in food markets as part of zoonotic disease prevention and food safety improvement. Within this framework, the One Health approach provides a comprehensive perspective by recognizing the interconnectedness of animal, human, and environmental health. Avian Influenza (AI) is a contagious disease caused by influenza A viruses affecting various poultry species. Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI), such as H5N1, is highly virulent and has zoonotic potential, posing significant global threats to animal health, public health, and economic stability. The virus is characterized by its ability to mutate and undergo genetic reassortment, generating new variants with varying levels of pathogenicity. Since its emergence in Indonesia in 2003, HPAI H5N1 has become endemic in poultry populations and continues to evolve, reflecting sustained viral circulation within the poultry production and marketing system. This study aimed to assess biosecurity implementation and its multisectoral implications for HPAI risk in nine live bird markets in Bogor using a One Health approach. Data were collected through observations, interviews, and structured questionnaires, alongside poultry blood sampling for serological testing. Antibodies against H5N1 clades 2.1.3.2 and 2.3.2 were detected using the Hemagglutination Inhibition (HI) assay. The findings revealed that 100% of traders sold poultry without Animal Health Certificates, 77.8% mixed poultry from different sources, and 88.9% of markets lacked liquid waste treatment facilities. The presence of free-ranging animals, such as cats and wild birds, was observed in 66.7% of markets. Serological results indicated antibodies against H5N1 clades 2.1.3.2 and 2.3.2, predominantly in layer chickens and broilers, suggesting prior exposure to the virus before or during distribution. Gap analysis against WHO HFMP standards showed that most markets were deficient in segregation, disinfection, and waste management practices. These conditions suggest that live bird markets may function as consolidation points of risk, with implications not only for poultry health but also for zoonotic exposure in humans and environmental contamination. These findings highlight the need for integrated interventions through a One Health approach, including improved sanitation infrastructure, mandatory health certification, regular inspections, and trader biosecurity training. Strengthening these measures will support effective HPAI prevention and promote healthier and safer live bird market systems.

2026-01-01T00:00:00Z Karunia, Nia http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/172326 2026-01-23T15:33:26Z 2026-01-01T00:00:00Z

Karakterisasi Molekuler dan Evaluasi Model Infeksi Bakteri Avibacterium paragallinarum Isolat Lokal Penyebab Penyakit Coryza pada Ayam Karunia, Nia Coryza merupakan salah satu penyakit pernapasan yang disebabkan oleh bakteri Avibacterium paragallinarum (A. paragallinarum). Penyakit ini menimbulkan ancaman besar bagi kesehatan dan produktivitas unggas, terutama di negara-negara tropis seperti Indonesia. Meskipun kasusnya banyak dilaporkan, informasi mengenai karakteristik molekuler, patogenisitas, dan dinamika infeksi isolat lokal Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk karakterisasi molekuler dan mengevaluasi model infeksi A. paragallinarum dari ayam yang menunjukkan gejala klinis coryza. Sebanyak 60 sampel swab dikoleksi dari peternakan ayam di wilayah Kabupaten Bogor dan sekitarnya. Identifikasi dilakukan melalui pendekatan fenotipik (kultur pada media yang disuplemen Nicotinamide Adenine Dinucleotide [NAD], pewarnaan Gram, dan uji biokimia) serta konfirmasi molekuler menggunakan PCR HPG-2, ERIC-PCR, dan sekuensing gen 16S rRNA. Desain primer dilakukan menggunakan sekuens dari GenBank dan menargetkan gen HMTp210. Pada pemodelan infeksi, empat kelompok ayam digunakan yaitu kelompok kontrol, kelompok inokulasi A. paragallinarum, kelompok koinfeksi Staphylococcus aureus, dan kelompok transmisi. Bakteri diinokulasi ke sinus infraorbital, gejala klinis diamati, skor rata-rata harian dicatat, dan konfirmasi kembali dilakukan dengan PCR HPG-2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 37 dari 60 sampel terkonfirmasi positif A. paragallinarum menggunakan PCR HPG-2, namun hanya delapan isolat yang berhasil dikultur. Uji biokimia memperlihatkan hasil uji katalase dan oksidase negatif, serta tampilan bakteri Gram negatif. Analisis sekuens menunjukkan homologi 95,7–99,2% dengan strain referensi A. paragallinarum di GenBank, dan homologi 96,5–99,2% antar isolat. Pohon filogenetik menunjukkan semua sampel berada dalam klade yang sama, namun berbeda klade dengan strain referensi. Evaluasi keragaman genetik dilakukan melalui ERIC-PCR, yang mengidentifikasi lima kelompok di antara isolat, menunjukkan variasi genomik yang cukup besar. Upaya desain primer baru yang dilakukan belum berhasil membedakan serovar isolat Indonesia secara spesifik. Sementara itu, uji patogenisitas dan pemodelan infeksi berhasil mengevaluasi gejala klinis kategori ringan yang ditunjukkan dari ayam yang telah ditantang dengan positif A. paragallinarum dari hasil uji PCR mulai hari ke-2 pasca infeksi.

2026-01-01T00:00:00Z Jannah, Raudatul http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/172219 2026-01-21T11:46:19Z 2026-01-01T00:00:00Z

Pengembangan Indirect ELISA Untuk Menguji Keberadaan Antibodi Gallibacterium anatis Pada Ayam Petelur Jannah, Raudatul Gallibacterium anatis merupakan bakteri patogen yang menyebabkan gallibacteriosis pada unggas. Infeksi oleh G. anatis menyebabkan penurunan produksi telur hingga 30% dan epididimitis pada ayam jantan. Kejadian infeksi G. anatis dilaporkan meningkat dalam beberapa tahun terakhir dan digolongkan sebagai Emerging disease. Variabilitas genomik dan fenotipik antar isolat lapang, menjadi tantangan dalam pengembangan diagnostik dan vaksin yang efektif. Metode deteksi berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) selama ini lebih berfokus pada identifikasi agen penyakit, sementara data serologis G. anatis, khususnya di Indonesia masih terbatas. Berdasarkan permasalahan tersebut, penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan dan menyeleksi antigen G. anatis isolat lokal sebagai protein deteksi pada uji indirect Enzyme Link Immunosorbant Assay (ELISA) serta untuk memperoleh gambaran seroprevalensi G. anatis Penelitian diawali dengan karakterisasi isolat arsip secara biologis dan molekular. Isolat selanjutnya digunakan untuk pembuatan vaksin oil adjuvant untuk imunisasi serta produksi sel bakteri untuk ekstraksi antigen. Sampel antigen hasil perlakuan diukur konsentrasi antigennya dengan UV-Spektrofotometer, kemudian dianalisis dengan SDS-PAGE dan Western blotting. Serum kontrol positif digunakan dalam proses optimasi in-house ELISA, yang selanjutnya diterapkan menggunakan serum sampel lapang. Hasil penelitian menunjukan bahwa pengembangan indirect ELISA untuk menguji keberadaan antibodi G. anatis berhasil dilakukan. Berdasarkan hasil optimasi, antigen dengan perlakuan sonikasi pada konsentrasi 7,1 µg/mL terpilih sebagai kandidat optimal sebagai coating. Antigen sonikasi juga menunjukan risiko reaksi silang yang lebih rendah dibanding perlakuan lain. Pengujian konjugat antibodi sekunder diperoleh optimal pada pengenceran 1:8000 dan menghasilkan rasio P/N tertinggi (4,07) dengan background noise minimal. Berdasarkan pengamatan uji patogenisitas, gejala klinis berupa pembengkakan pada infraorbital dan nassal discharge mulai muncul pada hari ke-2 pasca infeksi, dengan peningkatan gejala dominan pada kelompok infeksi antara hari ke-6 hingga ke-14. Sementara itu, pada kelompok transmisi gejala klinis terjadi pada hari ke-8 hingga ke-10 sebelum menurun pada hari ke-12 dan ke-14. Uji patogenisitas menunjukkan nilai S/P kelompok infeksi berada pada rentang 0,047–0,204, dengan nilai cut-off masing-masing 0,156 (±2SD) dan 0,189 (±3SD). Hasil sensitivitas dan spesifisitas yang diperoleh masing-masing 85% dan 94%. Pada pengujian in-house ELISA dari 56 serum lapang diperoleh nilai seroprevalensi G. anatis 64%

2026-01-01T00:00:00Z Nurdiansyah, Muhammad Hanif http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/172205 2026-02-18T02:14:47Z 2016-01-01T00:00:00Z

Karakterisasi Virus Penyakit Mulut dan Kuku Isolat dari Provinsi Jawa Barat Tahun 2022-2023. Nurdiansyah, Muhammad Hanif Penyakit mulut dan kuku (PMK) adalah infeksi virus akut dan sangat menular yang menyerang berbagai hewan berkuku genap/belah. Pada tahun 2022, PMK re-emerging di Indonesia, dengan wabah yang dilaporkan di beberapa provinsi, termasuk Jawa Barat. Kemunculan kembali ini telah menimbulkan kekhawatiran tentang pengelolaan dan pengendalian penyakit, terutama mengingat karakteristik virus yang kompleks. Virus PMK menunjukkan karakteristik yang berbeda berdasarkan serotipe. Studi ini bertujuan untuk mengidentifikasi gejala klinis PMK pada beberapa jenis hewan yang rentan, mendeteksi, mengisolasi, dan mengkarakterisasi virus PMK penyebab wabah 2022-2023 di Jawa Barat. Studi ini mengumpulkan 31 sampel dari Kabupaten Sumedang dan Sukabumi di Provinsi Jawa Barat, yang terkena wabah PK antara tahun 2022 dan 2023. Pemeriksaan klinis dilakukan pada hewan yang diduga terinfeksi virus PMK; 31 sampel tersebut terdiri dari 20 sapi, 9 kerbau, dan 2 kambing. Pemeriksaan laboratorium yang digunakan adalah deteksi molekuler dengan RT-qPCR, isolasi dan serial passage, identifikasi dengan RT-PCR, dan karakterisasi molekuler dengan sekuensing. Gejala klinis yang diamati meliputi demam (52%), salivasi dan keluarnya cairan hidung berlebihan (45%), lepuh di mulut (42%), pincang (23%), dan lesi kaki (16%). Hasil RT-qPCR dari 30 dari 31 sampel (97%) menunjukkan positif virus PMK. Total 30 sampel positif PMK dengan RT-qPCR, 8 sampel diantaranya diidentifikasi sebagai serotipe O dengan ukuran amplikon RT-PCR 1135 bp. Virus PMK berhasil dikultur dalam sel BHK-21 dan menunjukan efek sitopatik (kematian atau kerusakan sel) dalam waktu 24–72 jam. Serial passage dan analisis sekuensing protein VP1 pada passage 1 (P1), passage 5 (P5), dan passage 10 (P10) menunjukkan mutasi titik substitusi. Titik mutasi P1 di protein terletak pada basa 618; P2 pada basa 618, 624, dan 667; P3 pada basa 618, 667, dan 790. Gejala klinis penyakit mulut dan kuku (PMK) yang diamati pada sapi, kerbau, dan kambing di Provinsi Jawa Barat konsisten dengan yang dilaporkan sebelumnya. Virus PMK terdeteksi pada 97% hewan yang menunjukkan gejala klinis dalam penelitian ini.; Foot and mouth disease (FMD) is an acute and highly contagious viral infection that affects various cloven-hoofed animals. In 2022, FMD re-emerged in Indonesia, with outbreaks reported in several provinces, including West Java. This resurgence has raised concerns about the management and control of the disease, especially given the virus's complex characteristics. FMD virus exhibits distinct characteristics based on serotypes. This study aims to identify clinical symptoms of FMD in different species, to detect, to isolate and to characterize the FMD virus causing the 2022-2023 outbreak in West Java. This study collected 31 samples from Sumedang and Sukabumi districts in West Java Province, which were affected by FMD outbreaks between 2022 and 2023. Clinical examinations were conducted on animals suspected of being infected with the FMD virus; the 31 samples comprised 20 cattle, 9 buffaloes, and 2 goats. The study method used was molecular detection with RT-qPCR, isolation and serial passage, identification with RT-PCR, and molecular characterization with sequencing. The observed clinical symptoms included fever (52%), excessive salivation and nasal discharge (45%), vesicles in the mouth (42%), lameness (23%), and leg lesions (16%). The RT-qPCR result of 30 out of 31 samples (97%) tested positive for FMD virus. Of the 30 samples that were positive for FMD, 8 were identified as serotype O, with an RT-PCR amplicon size of 1135 bp. FMD virus was successfully cultured in BHK-21 cells, producing a cytopathic effect (CPE) within 24–72 hours. Serial passage and sequencing analysis of the VP1 protein at passage 1 (P1), passage 5 (P5), and passage 10 (P10) revealed point substitution mutations. The point mutations in P1 in the VP1 protein are located at base 618; P2 at bases 618, 624, and 667; and P3 at bases 618, 667, and 790. The clinical symptoms of FMD observed in cattle, buffalo, and goats in West Java Province are consistent with those previously reported. FMD virus was detected in 97% of animals showing clinical signs in this study.

2016-01-01T00:00:00Z