Aplikasi DNA Barcoding dan Metabarcoding pada Ikan Kerapu Lumpur (Epinephelus coioides) dan Jenis Makanannya dari Perairan Raja Ampat
View/Open
Date
2019Author
Yolanda, Yosa Anastesia
Butet, Nurlisa Alias
Madduppa, Hawis H
Metadata
Show full item recordAbstract
Makanan merupakan sumber nutrisi bagi makhluk hidup tidak terkecuali
untuk ikan dalam mempertahankan keberlangsungan hidup. Oleh karena itu perlu
adanya pengkajian makanan melalui kebiasaan makanan ikan. Penelitian ini
bertujuan mengidentifikasi spesies ikan kerapu lumpur Epinephelus coioides
melalui analisis DNA Barcoding serta keragaman jenis makanannya menggunakan
analisis Metabarcoding dengan marka molekular gen COI. Sampel jaringan
dianalisis dengan metode Sanger. Hasil identifikasi spesies melalui DNA
Barcoding menunjukkan terdapat basa nukleotida sebanyak 643 pb dengan tingkat
kemiripan sebesar 100%. Satu sampel isi perut ikan dianalisis dengan teknologi
Next Generation Sequencing. Hasil penelitian menggunakan software MEGA 5.02
dari sampel isi perut didominasi oleh kelompok ikan sebesar 91,80% dan kelompok
invertebrata sebesar 8,18%. Hasil serupa menggunakan software QIIME2 dengan
referensi database MIDORI LONGEST, makanan didominasi oleh kelompok ikan
E. coioides dengan frekuensi relatif berkisar 96% dan ivertebrata sebesar 2%.