Keragaman 5’UTR Gen CAPN1 dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali

Abstract

Sapi bali (Bos javanicus) merupakan sapi pedaging hasil domestikasi dari banteng. Populasi sapi bali berkisar 32.31% dari total populasi sapi nasional. Menurut laporan publikasi, telah terjadi penurunan populasi dan kualitas genetik sapi bali karena adanya seleksi negatif pada ternak sapi bali. Salah satu cara untuk mengatasi hal tersebut yaitu melakukan seleksi pada ternak sapi bali, salah satu metode seleksi yang dapat digunakan adalah seleksi berbasis molekuler. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui pendekatan identifikasi kromosom, gen, serta melihat pola pewarisannya. Seleksi molekuler dapat dipusatkan pada sifatsifat tertentu, salah satunya adalah sifat pertumbuhan. Gen CAPN1 memiliki 5’untranslated region (5’UTR) yang telah dikenal untuk mengontrol proses inisiasi translasi, proses post translasi, dan regulasi ekspresi gen. Beberapa penelitian pada fragmen 5’UTR telah dilaporkan pada ternak, namun belum ada penelitian yang dilakukan pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman 5’UTR gen CAPN1 dan asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah dikoleksi dari 80 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar dan 16 ekor sapi limousin sebagai pembanding. Sifat-sifat pertumbuhan yang diamati adalah bobot lahir (kg), bobot hidup (kg), penambahan bobot badan (kg), panjang badan (cm), dalam dada (cm), tinggi pundak (cm), tinggi punggung (cm), dan lingkar dada (cm). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi 5’UTR gen CAPN1 adalah primer forward: 5’- CCC TTC CCA CCC AGA TAG G -‘3 dan primer reverse 5’- CCT GGA GAC CGT GAG GAA C -‘3. Mutasi ditemukan di 5’UTR gen CAPN1 di g.232G>T melalui teknik sekuensing. Enzim restriksi BglII digunakan untuk melihat keragaman dengan teknik PCR-RFLP. Asosiasi keragaman gen CAPN1 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Liniear Model (GLM). Amplifikasi 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali dan sapi limousin menghasilkan produk 478 pasangan basa (pb). Keragaman 5’UTR gen CAPN1 berdasarkan SNP g.232G>T pada sapi bali adalah polimorfik, namun monomorfik/seragam pada sapi limousin. Genotipe GG (478 pb), GT (478 pb, 354 pb, dan 124 pb), dan TT (354 pb dan 124 pb) ditemukan di sapi bali. Genotipe GG (478 pb) ditemukan di sapi limousin. Mutasi g.232G>T tidak berdampak signifikan (P>0.05) terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. SNP ini tidak dapat digunakan sebagai MAS untuk sifat pertumbuhan.