Deteksi Kualitatif Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Polymerase Chain Reaction.

Abstract

Pengembangan metode PCR perlu dilakukan untuk mendeteksi beberapa jenis bakteri, yaitu secara multiplex. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh kondisi optimum metode multiplex-PCR untuk mendeteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis pada karkas ayam. Penelitian ini dilakukan dalam 3 tahap, yaitu pengujian primer, penentuan limit deteksi metode multiplex-PCR dan uji coba deteksi Salmonella spp. pada karkas ayam. Hasil penelitian menunjukkan konsentrasi ekstrak DNA sebesar 553.2 – 1011.4 ng/μL dan kemurnian 1.80 – 1.96. Suhu annealing optimum untuk 3 primer yang digunakan adalah 58 oC dengan konsentrasi primer untuk target gen invA sebesar 0.400 μM, STM4497 sebesar 0.120 μM dan Prot6E sebasar 0.145 μM yang mampu membedakan serovar Typhimurium dan Enteritidis. Limit deteksi metode multiplex-PCR ini untuk Salmonella spp. sebesar 4.7 × 104 sel, S. Typhimurium sebesar 3.5 × 104 sel dan S. Enteritidis sebesar 1.5 × 105 sel. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode multiplex-PCR dengan 3 pasang primer dapat digunakan untuk membedakan Salmonella serovar Typhimurium dan Enteritidis pada karkas ayam.