Deteksi Salmonella Hadar, Salmonella Typhimurium, dan Salmonella Enteritidis Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR)

Abstract

Sebagai upaya penanganan kasus keracunan pangan, metode deteksi Salmonella dalam waktu yang singkat dan akurat perlu dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan verifikasi metode polymerase chain reaction (PCR) untuk mendeteksi Salmonella spp., S. Enteritidis dan S. Typhimurium pada karkas ayam. Tahapan uji adalah konfirmasi kultur Salmonella, ekstraksi DNA, optimasi suhu annealing primer, uji spesifisitas primer, penentuan limit deteksi PCR, dan uji coba pada sampel. Berdasarkan hasil penelitian, kemurnian DNA hasil ekstraksi berada dalam rentang standar (1.8 – 2.0). Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan 3 serovar tersebut adalah InvAc, STM4497c, dan Prot6E. Suhu annealing yang digunakan untuk ketiga primer adalah 52 °C dan limit deteksi PCR dengan konsentrasi primer 0.5 μM untuk ketiga target gen, masing-masing sebesar 1.9 x 104 sel (InvA), 4.0 x 104 sel (STM4497), 2.0 x 103 sel (Prot6E). Pengujian pada sampel masih perlu dikembangkan karena batas limit deteksi yang masih rendah, yaitu sebesar 4.0 x 104 sel.