Validasi Molekuler Berdasarkan Marka Gen 16S rRNA di Perairan Bintan sebagai Tahap Awal Pengelolaan Kuda Laut (Hippocampus spp.)
View/Open
Date
2018Author
Nurhayati, Kifayah Hana
Butet, Nurlisa Alias
Nurilmala, Mala
Metadata
Show full item recordAbstract
Kuda laut merupakan biota yang dilindungi dan ditetapkan dalam kategori
vulnerable atau rentan dalam IUCN, serta termasuk ke dalam Appendiks II pada
CITES. Fenomena cryptic species dan complex species pada biota perairan sering
menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan
untuk mengidentifikasi spesies kuda laut berdasarkan marka gen 16S rRNA dan
menentukan hubungan kekerabatan kuda laut di perairan Bintan. Isolasi dan
ekstraksi DNA menggunakan kit komersial Qiagen menghasilkan DNA total yang
kemudian diamplifikasi menggunakan primer universal 16S rRNA, dan
dilanjutkan ke proses sekuensing. Analisis basa nukleotida menggunakan
BLASTn menunjukkan bahwa kelima contoh kuda laut mirip dengan
Hippocampus comes. Urutan basa nukleotida kemudian disejajarkan dengan
outgroup dari genus Hippocampus dan Syngnathus menggunakan software
MEGA 5.0. Terdapat 18 situs nukleotida spesifik pada H. comes yang
membedakannya dari spesies outgroup. Kajian ini menunjukkan bahwa gen 16S
rRNA mampu memvalidasi spesies H. comes dan dapat dijadikan sebagai penanda
molekuler yang akurat untuk H. comes.